许多年前，火箭队在大海的一座叫做盖亚那的荒岛中，发现了梦幻的身影。从那时开始，火箭队就一直对梦幻这种传说中的神奇宝贝情有独钟。每隔一段时间，火箭队都会派出队员，前往广袤大海中的岛屿，在危险的丛林，搜索着梦幻的踪迹。
一代又一代，火箭队不知道葬送了多少生命，终于找到了梦幻睫毛的化石。然后，他们开始了对梦幻的克隆研究。
负责梦幻克隆研究的人，叫做富士博士。富士博士原本只是为了复活自己已经死去的女儿小爱，才接受火箭队的资助，帮助火箭队克隆梦幻的。但是在研究的过程中，她彻底失去了复活小爱的希望，转而把注意力全部放到了，和小爱有所联系的梦幻复制体——超梦身上。
超梦，就在这种状况中，被人类制作了出来。
超梦诞生的时候，研究所里的研究人员都很高兴，他们觉得，他们创造了一个全新的物种。都是沾沾自喜的样子。可是，他们却没想到，超梦已经拥有了自己的意识。还在试管中的时候，超梦便与其他克隆体有了意识交流。当然，也尝遍了分离和毁灭的痛苦！
还没有诞生，便明白了死的意义和分离的痛苦，这是多么悲伤的事情。而一出生，就要思考自己诞生在世界上的原因，这又是多么残酷的局面。超梦无法认知自我，他的能力也因此而失控了。
研究所里的研究员大概想不到，刚刚诞生的超梦，竟然就能拥有如此强大的力量，并且还能熟练地使用神奇宝贝技能！他们在惊恐和绝望中，随着岛屿的研究设施，一起陷入了毁灭！
故事到这里，却没有结束。烈焰中，火箭队的首领坂木和超梦相遇了。一人一神奇宝贝，一个渴望力量，来征服世界。另一个渴望知晓自身存在的价值。两个存在就这样走到了一起。
也是从那时候开始，常磐市的道馆训练家，拥有了一只不可思议的超能系神奇宝贝。人们不知道那是什么神奇宝贝，只知道，没有什么神奇宝贝，会是它的对手！它包裹着厚厚的铠甲，铠甲中包裹着的不仅仅是强大的力量，还有让任何人都畏惧的残暴！
神奥地区，考古家族，小洋楼里。在温暖的下午时光，小翔一个人呆在书桌前，一边看书，一边品着沙奈朵准备的下午茶。
“小翔，你还真是悠闲呀！”艾拉小姐不满的声音从实况转播器中传来。小翔可以从她身后的吵杂声中，感觉到她的焦头烂额。
“怎么了，艾拉小姐。你那边，应该已经到晚餐的时间了吧，为什么还是这么忙碌呢？”小翔很小心地饮一口红茶，然后立刻忍不住露出陶醉的样子。他夸赞地望了旁边的沙奈朵一眼，似乎对红茶的甜度和温度都十分满意。沙奈朵对此只是温和一笑。
小翔已经十四岁了，再不仅仅只是个孩子，而是一位颇为帅气的小少年了。这个年龄，搭配小翔成熟的气质眼神，已经不像以前那样对比突兀了。沙奈朵很喜欢小翔现在的样子。
“我的小博士，我自然不像你那样悠闲。实际上，我现在在关都地区。这里出现了一个很棘手的麻烦。多亏了它，我难得的假期告吹了，并且忙到现在，也没有取得任何成果！”艾拉小姐看到小翔悠闲自在的样子，忍不住狠狠抱怨道。
“呵呵，什么麻烦呀。以我对艾拉小姐的了解，艾拉小姐和我联系，绝对不是为了抱怨一番，然后向我寻求安慰。艾拉小姐和我联系，一定是想要使唤我了，打算把什么自己解决不了的麻烦，扔到我这个可怜的小孩子身上……唉。谁让这个世界，没有未成年人保护法呢？”小翔语气有些哀伤的说道。
艾拉小姐原本被小翔识破意图，脸上正有点发红。但接下来听到小翔这样古怪的语气，也是在额头画出了个“井”字，忍不住想要立刻把电话挂断。当然，艾拉小姐毕竟是艾拉小姐，仅仅是这么一点事情，就想让她失去原来的冷静，是完全不可能的。
“怎么会呢，小翔。我从来不随便使唤人。更何况，是你这位身兼考古家族长老，顶级神奇宝贝培育家，高级神奇宝贝医护人员，神奇宝贝考古学博士，顶级神奇宝贝协调训练家以及神奇宝贝联盟道馆检察官多职的天才少年大忙人。我和你说的，是一件可以让你十分感兴趣的事情！”艾拉小姐先是反讽了小翔一番，然后才提到正文。
小翔没有在乎艾拉小姐的反讽，反而十分感兴趣地说道：“让我很感兴趣的事情？那一定是神奇宝贝的事情了！好吧，那么，我就听听吧！”
艾拉小姐发现，自从上次在审议会打败那些议员之后，小翔就变得脸皮很厚，言辞也很锋利了。这让艾拉小姐在应付小翔时，常常感觉到有点费力。不过，这对她来说，其实也是一种不错的消遣。毕竟，每天面对那些勾心斗角的政客们的时候，艾拉小姐可不会像现在这样愉快。
“就如你所说的那样，确实是神奇宝贝的事情。甚至很可能，是未知的超能系神奇宝贝……你知道关都常磐市的道馆馆主坂木吗，他最近得到一只十分强大的神奇宝贝。那只神奇宝贝被包裹在盔甲里，任何神奇宝贝都……”
艾拉小姐说明了神奇宝贝联盟遇到的状况，小翔却从她的话中，想起了超梦的事情。原来如此，最强的超能系传说神奇宝贝，终于诞生了吗？这样的话，无论如何，他都要去关都地区，讨教一番了！他想要见识一下，这个和地球上的他，命运有点相似的神奇宝贝，到底如何了得！
“醒夜，醒夜……小翔，你在听我说话吗？”实况转播器的对面，艾拉小姐不满地问道。
“抱歉，我有点走神。刚才的话，麻烦你再说一遍。”小翔回过神来，有些抱歉地说道。
“唉，真拿你没办法。我就再说一遍好了，关都常磐市的道馆馆主坂木最近得到了……总之，就是这样。你对这件事情，感兴趣吗？”艾拉小姐说完后，有些期待地问道。
“当然，我很感兴趣，”小翔停顿了一下，看看旁边的日历，然后对艾拉小姐说道：“准备了这么久，我也该去关都地区，开始自己道馆检察官的工作了。既然这样，第一站，就去拜访常磐道馆吧。”
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