橘子群岛一直流传着一个传说：当火之神、冰之神、雷之神被人类触怒之时，海神洛奇亚就会降临。那时候，就是世界毁灭的日子。
富可敌国的收藏家吉尔露太，不知道从什么地方，找到了这个传说属实的证据。他打起了洛奇亚的注意，想要捕捉洛奇亚，将其作为自己的收藏品。不过，在此之前，他要首先捕捉火焰鸟、雷电鸟和急冻鸟三只传说神奇宝贝才行。
凭借强大财力打造的飞船十分强力，没有费多少力气，吉尔露太就成功捕捉到了火焰鸟。火焰鸟被捉住后，当年巫女布置的大型炼金法阵失控，深海海流突然变得比巫女那个时代还要混乱，天灾地变的异象也蔓延到了整个神奇宝贝世界。
谁能想象，在中低纬度地区，可以见到美丽的极光？但是，偏偏，大木博士和小智妈妈就在家门口见到了。类似的状况，还有很多。神奇宝贝联盟的渡，在天灾异变开始后，就开始联络起小翔，但却一直联络不上。同样，娜姿和铃也是一样。两人都有些担心。
娜姿和小翔确立了恋爱关系。铃却没有这样做。虽然有记忆共联的情况，但是，铃认为：那个世界的铃是那个世界的，这个世界的她也只属于这个世界。她不会因为记忆共联就喜欢上了小翔。之所以愿意帮助小翔，是因为，这是她的世界，她没有任何可以逃避的理由。
小翔对此也并不是很在意。毕竟，两个世界的铃看起来差距很大。这个世界的铃，似乎更加冰冷危险。不过，小翔和铃相处的时候，还是会有这样那样的尴尬。两人有时候，会突然陷入另一个世界的关系中。清醒过来后，彼此都觉得很不自在。
“放心吧，娜姿。小翔，估计是因为忘记给实况转播器充电了，所以才会一直没有消息。我已经让美梦神联系雪儿了。有雪儿在的话，应该不会有什么事情。”铃看到娜姿慌乱的模样，忍不住安慰了她一下。
“嗯。谢谢你，铃姐姐！”娜姿和铃是有亲戚关系的，喊铃姐姐并不奇怪。
神奇宝贝世界各地出现天灾异变景象的时候，小智一行人正好在前往亚西亚岛的途中。风浪突然猛烈起来，让船上的小智他们，平白遇到了不少的危险。不过最后，他们还是成功到达了亚西亚岛。
亚西亚岛，正在举行庆典。庆典中，正好需要一位外来的神奇宝贝训练家，来扮演控制者。小智来得正是时候，直接被推举成为了控制者。
这时候，小智还不知道，接受这个身份，到底要承担多么巨大的责任。如果以往的控制者只是走了一个流程的话。拥有波导之力，可以激活宝珠力量的小智，将会成为一个真正的控制者。而控制者需要面临的困难，也都会一个不少地呈现在他的面前。
为了完成控制者的任务，小智必须要获取三颗宝珠。他首先要去的地方，就是火焰鸟所在的火之岛。在风浪中，历尽千辛万苦到达那里之后，小智面临的，是吉尔露太驾驶飞船捕捉闪电鸟的情景。
飞船和闪电鸟的战斗太过危险，小智他们根本插不上手。不仅如此，他们还受到了波及，和闪电鸟一起被抓进飞船之中。吉尔露过于相信飞船防御系统的力量，没有把小智他们放在眼里。
可是，小智可是获得石英大会亚军的优秀训练家。经过一番努力后，小智成功救出了火焰鸟。
也许是因为很久以前就有旧怨，也许是因为双方存在着什么误会。火焰鸟获救后，在救援闪电鸟的时候，喷射火焰的威力过强，让闪电鸟受到了伤害。闪电鸟以为火焰鸟是借机报复，立刻还手攻击火焰鸟。双方就这样，在吉尔露太的飞船中，直接打了起来。
当然，内斗归内斗。内斗之前，它们也没有忘记要解决共同的敌人。
在吉尔露太的飞船刚刚到达雷之岛的时候，火焰鸟和闪电鸟就击坠了吉尔露太的飞船。急冻鸟出现，想阻止火焰鸟和闪电鸟，却被它们两个一起攻击。急冻鸟顿时也火了。然后，三只新仇旧怨混在一起的传说神奇宝贝，开始了乱战。
这时候，洛奇亚终于忍不住现身而出。但是，这里的三神鸟，和关都、卡洛斯地区的三神鸟不同，是完全的初代。不仅如此，一直吸收三座岛屿提供的属性力，它们的实力，其实比其他传说神奇宝贝要厉害得多。
所谓双拳难敌四手，一对三的状况下，洛奇亚最终也被打败。
而这时候，小智已经收集到了两颗宝珠。在三神鸟的阻碍面前，他不得不做出一个选择，是这样仅仅看着什么都不做，还是在三神鸟的袭击中，冒险去获取最后的宝珠。
今天祭典的巫女扮演者，当年巫女和青年的后人芙芦拉在看到洛奇亚现身后，终于想起了巫女的职责。她吹响了海螺，放出了特殊的治愈波动，治愈了洛奇亚的伤势。
“世界面临毁灭之际，海之神会出现。但即便是海之神，也无法阻止世界的毁灭。这时候，只有优秀的控制者出现，才能平息诸神的愤怒，让世界重回安宁。”会说话的河马王，道出了拯救世界的方法。大家听到它的话之后，都把目光聚集在了小智身上。
“我？你难道在说我？等等，我虽然有成为神奇宝贝大师的梦想。但是，拯救世界这种事情……”小智后退了一步，不敢置信道。
“没错，只有优秀的控制者，人类的代表你，才能阻止世界的毁灭。”洛奇亚也来到了小智的面前，对小智说道。
“可是，我该怎么做？”小智问向洛奇亚。
“收集三颗宝珠。你已经收集到了两颗宝珠。剩下的，就是冰之宝珠。只有三颗宝珠聚集在一起，才能激活增幅海之笛笛声的装置。这时候，再吹奏海之笛的话，就能平复三神鸟的愤怒，让它们冷静下来。”洛奇亚听到小智的问题，回答道。
“你是说，我要去那里？”小智看向三神鸟乱战的冰之岛，有些害怕。
“你处于距离能够拯救世界最近的地方。该如何选择，由你自己决定。”洛奇亚没有逼小智。它似乎相信小智能够做出最合适的选择。
最终，在皮卡丘和朋友们的支持下，小智还是凭借着一口气凝聚而来的勇气，接受了这个充满危险的任务。
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