接下来的几天，西军相对比较轻松，只是派兵剿小股的土匪，然后就是在休整。种师道询问了一下种世礼关于寒热重症的病的信息。种世礼也说不了太详细，只是说这种病在江南时常有爆发，多在夏季，得病的人总是忽冷忽热，也无药可治。得病人只能强忍着，身体强健者也许能够挨过去，身体弱一些的也许就会丢失性命，当地人称之为“打摆子”。
种师道听说此病叫“打摆子”就明白了，这个就是后世说道疟疾，疟疾的传播就是不起眼的蚊子。在古时候卫生条件不好，所以蚊子传播就更加猖獗，因此得疟疾的几率积虑就更大一些。这个疾病的特效药就是青蒿素，中国科学家屠呦呦还因为研究成功青蒿素治疗疟疾得了诺贝尔医学奖。
由于现在正是夏季，江南酷热潮湿，正是蚊子滋生繁盛的季节。种师道得知睦州地区流行疟疾后，也害怕这个疟疾传到西军的大营。于是下了一道命令，让军营点燃艾草驱除蚊蝇，士兵都要喝白开水，军营中的茅厕要用要撒上石灰。并且将此命令作为西军的军规规定下来，称为驱役之策，今后行军必须遵守。西军将士大多数都不理解，但是现在种师道在西军中威望极高，所以这些命令也就得到贯彻。后世史学家研究认为驱疫之策的执行，使得西军在征战中很少受到各地瘟疫的影响，这个也成为西军建了不世功勋的巨大保障之一。
由于锦衣卫传递的速度比童贯的信差传递的速度快了很多，所以种师道的西军在湖州休息了几天后才得到童贯的调令。让人以外的是，随同童贯的调令来的还有刘延庆的一封亲笔信。
童贯的公文上介绍了一下前敌的情况，跟锦衣卫掌握的情况差不多，现在十几万宋军困在睦州进退维谷，只是营中的疫情要比想象中的严重。尤其是西军、河东军、北军等北方军队，由于水土不服病情尤其厉害！因此童贯命令种师道立刻领兵南下救援。另外刘延庆的亲笔信说是刘光世也染病了，希望种师道能够看在西军袍泽情面上就刘光世一命！
种师道立刻聚集军机处诸将商讨再次南征的事宜。种师道说道：“这个是媪相的调令，命令我西军再次增援，如何处置？”
折赛花道：“环庆军南下并非不能取胜，只是由于疫情爆发，咱们再多去人也无用，需要找到克制疫情之药方。”
种师道再次有《九阴真经》为借口，道：“这药方我倒是模糊记得一个，这是不知道是否管用。”
折赛花道：“既然有药方即可发兵。”
种师道见一帮站着的朱五欲言又止，于是道：“朱五，你虽然只是旗牌官，但是军机处议事我许你说话。”
朱五吃了一惊，有点胆怯的小声说道：“小人在想在这里还有1万多招安的士兵，如果大军南下如何安置，如果出了差池只怕两边都不讨好。”
种师道说道：“我前几日已经给媪相发去公文，阐明了处理的方法。只是这次来的只是调令，并无回文。”
吴麟也道：“方腊残部已成强弩之末，并无多少战力。只要派少数人马进剿即可，况且睦州的环庆军也有万余人，只要控制住疫情，即可彻底剿灭贼军。”
种师道琢磨了一会，也觉得只要控制住疫情就可获胜。他知道青蒿素可以治疗疟疾，可是青蒿是什么植物自己可是从没见过，所能否治疗好疟疾也还是没有把握。权衡了半天，他道：“是否能够控制疫情，《九阴真经》中记载的药方我也不知道能否起效，所以做两手准备。我亲自率领1万人马南下，一路之上严格执行驱疫之策。到了睦州如果不能治好疫情，我就用这1万人马也能剿灭方腊残部。”
折赛花道：“不知经略相公带那些人马？”
种师道说道：“新成立的健锐营还需历练，这次跟我南下。还有怀德军要带领3000马步兵，神机营的2000人马一并跟我南征。湖州大营暂由折可求管辖，吴麟为副将，处理一切相关事务。江南劫掠的财物要尽快的北运，这里我们也不能长期驻扎，否则要是水土不服闹起其他疫情，可不是小事。”
种师道遂带领西军诸将及1万人人马再次南征睦州，一路之上小心谨慎，严格执行驱疫之策，还好平安的到达了睦州。由于疫情严重，宋军已经分别扎营了。种师道率领大军直接就奔童贯的胜捷军大营而来。
童贯见种师道带兵前来非常高兴，亲自迎接种师道。种师道见童贯前来迎接，跳下战马率领西军诸将给童贯施礼。
童贯急忙搀扶道：“免礼、免礼！如今军中疫情横行，听说你在杭州弄出来了酒精可救人性命，不知这次可曾带来！”
种师道苦笑道：“媪相，这个酒精却不能驱除疫症。”
童贯道：“这便如何是好。”
种师道说：“媪相勿忧，我还有一方，只是不知能否管用，可先试上一试。”
童贯道：“只好如此，如今环庆军水土不服，疫情最为严重，你此刻先去他们的大营看看吧。”
种师道命令折赛花选择适合扎营之地指挥西军扎营，自己带着种世礼、还有朱五、王旗牌等旗牌官来到了环庆军的大营。刘延庆见到种师道，当场就跪拜下去，祈求的口气说道：“彝叔兄，救救犬子吧！”说完老泪纵横。刘光世虽然是他的侄子，但是他视同自出，这次刘光世病倒让他心烦意乱，早就没有统兵作战的心情了。
种师道自从知道刘延庆私自联络童贯后，就在提防刘延庆，而且多少对他有些厌烦。但是看着他老泪纵横的样子又有些不忍。于是说道：“我有一方，不知是否有用，先看看病情吧。另外你把营寨整顿一下，咱们西军什么时候扎下过如此松散的营寨，如果贼兵偷营如何抵挡。”
刘延庆点头称“是”，把种师道引到了了刘光世的大帐。刘光世已经被这个寒热重症弄得非常虚弱，本来刘光世就是一个纨绔子弟，比起一般的西北汉子身体就弱了一些，如今他已经被病魔折磨的无法起身了。
种师道询问了大帐的几个军医的情况，然后对种世礼道：“你去找一些人，采集一些新鲜的青蒿来。”
种世礼道：“青蒿在不同地方有不同的叫法，不知伯父要采那种，有无图样。”
种师道就是怕这个问题，他只知道青蒿能够治疗疟疾，但是青蒿什么样子他是不知道的。再说植物不同地方有不同的叫法，后世当中土豆、马铃薯、地瓜都属于一个东西，何况青蒿呢。
种师道想了想道：“各种青蒿或者类似的青草尽皆采来，越多越好！”
种世礼立刻请刘延庆派一些士兵跟自己去采摘青蒿。另外种师道又纷纷刘延庆在环庆军大营中实施在湖州定下的驱疫之策以免的其他健康士兵继续染疫。
忙活了半晌，营中的艾草的烟雾逐渐的升起，种世礼也把附近的叫名字与青蒿类似的各种植物都采集来了。种师道看着眼前这七八种“青蒿”问道：“那种能有解毒的功效。”
种世礼道：“这些都有一些清热解毒的功效，可是比起黄连、银翘、金银花等功效差的很远，我看难解疫情。”
种师道喝道：“你懂什么，这青蒿就是解寒热重症的良药。去多找一些染疫的士兵，分别给他们服下青蒿，看看那种效果最好。”
种世礼道：“如何煎药，还请伯父明示。”
种师道回道：“这个青蒿的用法特别，不用煎制，直接搅成液汁服用即可。”
种世礼听了半信半疑，这个寒热重症已经困扰百姓数百年了，难道用这个简单的方法就能治愈了？虽然疑惑，但是种世礼还是找了10人一组，找了80个士兵试药。
种师道也是心情有些忐忑，对这种方法能否治愈疟疾也没有信心，毕竟他也不少医生。士兵服下药后，他只能坐在大帐里闭目养神，等待结果。服药后种师道足足等了2个时辰，还真的等来了好消息，有一组士兵的情况明显的好转了。
种师道和刘延庆等人都是大喜，种师道吩咐种世礼道：“这些好转的士兵只要他们简单进些粥饭即可，再过2个时辰再服用一次青蒿。另外你要注意确定好服药的剂量，找到最佳治疗方案。”
既然已经找到了药物，用到多少剂量为最佳，对于种世礼来说还是相当简单的。种师道又吩咐刘延庆道：“你多派人马收集青蒿，越多越好。”
刘延庆见青蒿真的能救这个寒热重症，心情自然打好，对种师道说道：“经略相公放心，下官一定做好。”
环庆军用了种师道的方法仅仅3天就控制了病情，很多士兵身体好转了，第4天的时候，刘延庆就带着刘光世道种师道的大寨来谢恩了。种师道见此方法有效，于是又将治病方法通知了童贯，让全军利用此法治病。然后自己带领1万人马，直扑睦州。
方腊见到种师道亲自领兵来攻打睦州，根本就没敢跟种师道对战，直接弃城而逃。种师道兵不血刃占领了睦州。只不过睦州的财富早就让方腊搜刮一空，现在睦州一片萧条，除了到处都是到处都是患寒热重症的病人外，值钱的东西什么都没有。
种师道只好派西军到处收集青蒿给百姓治病，而且又开设了几个粥厂让这些贫民先有一口饭吃再说，以免饥民在生事端，因此无法派兵追击方腊。
就在西军在睦州忙着救灾之际，种山前来禀告说是有一个道士求见。种师道此时都是想着怎么追击方腊，尽早结束江南战役，哪有心情见什么道士，于是叫亲兵施舍一些米和铜钱让这个打发这个道士。