昆明城破的日子，城内燃起了熊熊烈火。
福全、张云翼、赵弘灿等人个个都想夺一个先登之功，但很不巧，吴军并没有给他们机会，而是在线緎出城投降的第三天，就打开城门放明军进城。
吴世璠和“皇后”郭氏看来早知道大势已去，但并不打算向明军乞命，而是在宫里纵火，自焚于其中。
郑克臧带兵到达皇宫，连忙命令手下救火，看看能不能从大火里救出吴世璠。不过很可惜，吴世璠和郭氏都已经死去。于是，郑克臧下令宫中的太监侍女，从残烬中辨认出吴世璠和郭氏的尸体，用棺椁成殓。
吴世璠手下的文武官员们，在方光琛的带领下向郑克臧投降。项绍宽问起吴军将领的现状，方光琛如实供述，大部分将领都随着郭壮图和王屏藩在外守御，昆明除了郭壮勋、郭宗汾叔侄之外，并无宿将坐镇。
项绍宽有些不信，问起吴军名将吴国贵和吴三桂女婿卫朴的下落。方光琛说道，郭壮图裹挟吴世璠在昆明称帝之后，吴国贵与郭壮图对政务军务多有争执，郭壮图于是借口吴国贵劳苦功高，将他晋升太傅，明升暗降夺去兵权，吴国贵因此郁郁而终。卫朴娶吴三桂幼女，领有数千精兵，卫朴之女也嫁吴世璠为妃，因为后宫争宠，郭壮图便捏造卫朴意图谋反，诛杀全家。
听完方光琛的话，项绍宽和吕宪华都唏嘘不已。郭壮图裹挟吴世璠称帝，本来就是不智之举，以明军的实力，剿平吴军是迟早的事。即便在如此不利的情况下，吴军还陷入如此内斗，实在让人不解。
不过，既然昆明轻易光复，也不必再深究这些事情。郑克臧下令，城中文武官员暂时回家待罪，等候甄别发落。立刻向留守升龙的洪磊发函，请他代为上表向南京军机处告捷。另外，马上研究如何发兵前往贵阳，协助刘国轩捉拿郭壮图。
派往升龙的通讯兵才出发没几天，洪磊从升龙派来的通讯兵却已经到了——当然不是回信有这么快，而是洪磊派人来告知，十几天前升龙城里发生了一次严重的叛乱，部分潜藏在升龙城内的黎朝残余势力绑架了莫氏宗亲、禁军指挥莫敬璹，煽动禁军向城外的明军大营发起进攻。莫朝禁军当中有不少士兵和下级军官原本是黎朝军人，多少又与明军有些血仇，因此一呼百应，总共有数千人参与。
好在刘德杰和陈大定处置得当，经过激战击毙了几个领头之人，平息了这场叛乱，莫敬璹则死在乱军之中。不过，洪磊和陆希星商议，认为莫朝虽然取黎朝代之，但这样的黎朝余孽恐怕依旧为数不少，此番镇压之后难免又生后患，干脆发兵包围皇宫，强迫莫敬光下旨严加彻查大肆株连。目前彻查还在进行中，已经逮捕和处决了三千多人。
看到这份报告，项绍宽和郑克臧都感到有些悚然。明军在攻灭黎朝过程中的杀伤不可谓不多，站在安南人的立场，用血海深仇来形容也毫不为过。但为了夺取红河三角洲这块丰饶的土地，也不得不用更多的杀戮来为杀戮的后果兜底。
于是，项绍宽以郑克臧的名义给洪磊回信，告诉洪磊既然开了杀戒，就不必再有所顾忌，趁机尽量消灭莫朝的军事实力，为将来侵夺莫朝作准备。
吕宪华对残余的吴军进行了整训，发现吴军能打的主力都在郭壮图和王屏藩手里，昆明的残余部队中，土人比例极高，比如杀死郭宗汾的线緎就是个土司将军。这些土兵大部分都是被郭壮图强行从各土司村寨征发而来，并不喜欢当兵，只有少数是因为贫穷而选择当兵吃饷的。考虑到这几年连续战乱，即便是土司村寨也人心思定，吕宪华将大部分土兵都遣散回家，只留下一千多无家无口的光棍土兵，编成三个土兵营，留在军中效力。
项绍宽和郑克臧等人一起研究了行军路线，才发现发兵支援贵阳其实并不容易。从升龙到昆明，四分之三的路程是红河的水路，只有最后四分之一是山路，但饶是如此，明军花了近两个月时间才到达昆明。从昆明到贵阳的路程和到升龙差不多，但全程都是山路，按照最顺利的想象，也要花上三个月时间。这样一来，所有人的意见分成了两派，一派认为这三个月的路程早晚都要走，不如尽早出发，争取尽快抵达贵阳。另一派则觉得，不如先派人去通知刘国轩昆明的情况，把吴世璠等人已死的消息散布出去，到时候郭壮图军无战心，刘国轩轻易就能拿下贵阳了。
众将说辞不一，最后还得郑克臧作决定。郑克臧想了两天，最后决定暂时不发兵，而是派出使者前往王屏藩军前劝降。想法也很简单直接：王屏藩是个军阀，只要给予爵禄就能劝降，劝降之后也容易安置；而郭壮图与吴氏深度绑定，属于元恶不赦之列，必须让他兵败身死。
一个月之后，大家发现按兵不动是一个正确的选择，因为侦察兵回来报告，在贵阳通往昆明的道路上，已经出现了成群结队的吴军散兵，从他们的口中得知，驻守贵阳的吴军在听到昆明失守的传言之后，开始纷纷溃散，甚至有散兵说，郭壮图已经自杀身亡。
这些消息虽然不确实，但吴军士气崩溃无以再战是几乎可以肯定的。既然如此，郑克臧干脆开始安排一部分军队返回升龙。一来大战恐怕不会再打了，几万军队待在昆明不但粮食供应紧张，而且难免发生军民纠纷，二来升龙形势不明，不知道洪磊那里兵力是否足够。商议之后，决定让胡双奇和邢其古所部的五千人与莫敬晭的部队五千人一起先行返回。
洪磊方面的报告倒是不断传来，升龙城的叛乱引发了新一轮的拥黎反莫风潮，退休在海阳县家中的八十四岁老将丁文左被叛乱分子推举为领袖，丁文左的儿子丁炜和孙子丁聪带兵杀死了莫朝任命的知县，占据了海阳县城，并且向各地发送檄文，以“黎朝遗孤”的名义号召民众反抗“北人的侵略”。
海阳县在红河下游接近入海口的地方，离升龙并不远。丁文左叛军如果迅速进军升龙，恐怕难免有一场激战。不过或许是为了聚集更多的叛军，丁炜率兵南下清化府，与当地叛军会合，并且派人前往更南方的乂安招募丁文左的旧部——作为黎朝最富盛名的将领，丁文左有不少旧部都在南方重镇乂安的军中。黎朝驻扎在乂安的军队主要是为了防备阮主，莫朝接手之后，大部分军队向阮军投降，随阮有豪南下，少数接受莫朝整编，继续驻守乂安。一个多月下来，叛军的总数达到了空前的三万多人。
不过这个举动也给了洪磊喘息的时间，一面发文向郑克臧求援，一面修筑升龙城防，准备迎接大战。这样一来，让胡双奇、邢其古和莫敬晭先行返回升龙成了一个歪打正着的正确决定，留在升龙的一万多明军，加上返回的近一万人，以及两万莫军，将和丁文左的叛军形成势均力敌的局面。