由皇帝直接掌握最后一个势力，其实并不是一个部门,而是一支军队,也就是皇城禁卫军团。
现在禁卫军团的编制是二个步兵师、一个步兵旅、一个骑兵旅和一个特种兵团，共计兵力在三万五千人左右，在装配上，全部都换上了线膛枪和线膛迫击炮等最新的武器。其中有一个步兵旅，现在留守在北京。其余全部都驻守在南京，全部都驻扎在南京城里。
在名议上，这支军团是属于南京军区管辖，但将领的任命、罢免，都是由皇帝决定，而且这支部队的士兵都是从各军区抽调的精锐士兵，不仅专业技能过硬，而且在政治上也绝对可靠，任务除了保护皇城安全之外，还担任皇帝或皇室成员的护卫，仪仗等等任务。当然在必要的时候，还可以上战场。
如果真的有人想要图谋反判的话，就凭着这支军队，商毅也就可以在短时间内控制南京城里的局势，发动一场全面的政变。因此这也是商毅手里掌握的最为重要的一张王牌。
当然商毅设立这三个机构的目地，并不是说要加强皇权，全面控制国家，如果是那样的目地，也就不用费心去搞什么三权分立了，只要沿用明朝的制度，就可以确保国家权力永远掌握在皇帝的手里，因此主要还是防止出现紧急情况。现在帝国己经形成的三权分立的结构，正是商毅最希望的政治结构，商毅并不会主动去破坏，但也不能不防，毕竟在这个时代的皇权思想仍然很重，很难说沒有人不想挺而走险，来谋夺皇位。
虽然说帝国政治结构决定了，很难有人能够控制得了国会和內阁，但凡事都有万一，在另一时空里，既使是在三权分立的架构中，仍然出现了为数众多的独裁者，何况现在帝国的改制并不彻底，还保了大量的封建残余，而且商毅也己经让出了大部份的权力，因此一但出现了危急情况，商毅不可能一点还手之力都没有，必需对自巳保留一手。而这三个机构，就是保证商毅在出现危急情况，有足够的反击甚致是主动出击的力量，从一定意义上说，还可以保护现有的体制。
掌握了这三个机构，加上对国会的否决权，对内阁和司法部的提名权，尽管商毅让出了大量的权力，但也差不多可以保证，皇位的稳定。
国家体制在一点一点的建立中，內阁、司法的各部门也都在构建中，但只有国防部，因为需要等新任的国防部长周少桓从山东军区赶到南京来，才能开始国防部的组建工作，另外也只有等国防部组建之后，商毅才有可能对军队系统进行改组，因此在周少桓还沒有到达南京之前，军事系统的组建也只能先放一放。
最后要制定的就是帝国的品级散官、勋爵制度，还有就是官员的俸禄制度。
中国古代的官员大体都有三个称号：一个是品级散官，也就是所谓的几品官员，如宰相是当朝一品，知县是七品等。虽然从晋代实行了九品中正制以后，历朝都使用正从九品做为品级散官的标准，不过在每一品里又分了二或三等，因此实际的等级往往都有四五十级，明朝的官职是文散官三十一级，武散官五十二级。而每一级都有一个相应的名称，这就是品级散官。
第二个是实际的职务，如內阁首辅、各部尚书、巡抚、知府、知县等，当然每一个职务也都有相对应的品级，一边来说，做官都是重职不重品，只要是职位好，占一个肥缺，品级差一点都没关系。
第三个就是勋爵，其实在唐、宋、明时期，勋和爵是两个概念，在明朝开国的时候，设了文勋十级，分别为左、右柱国、柱国、正治上卿、正治卿、资治尹、资治少尹、赞治尹、赞治少尹、修正庶尹、协正庶尹。武勋十二级分别为左、右柱国、柱国、上护军、护军、上轻车都尉、轻车都尉、上骑都尉、骑都尉、骁骑尉、飞骑尉、云骑尉、武骑尉。而爵就是人们熟知的公候伯孑男五爵。虽然都有相应的品级，但都属于荣誉称号。但按一般的习惯，是重爵不重勋，到了清朝，才将勋爵合一，不分文武，统称为爵。当然在官员封爵之后，除了荣誉之外，相应也会另外增加一份俸禄。因此历代以来，官员也都以封爵为荣。
虽然品级散官、勋爵制度，并不是官员最关心的事情，但也有必要制定出来，而且中华帝国毕竞建立了一种新的政治制度，比如说国会的议员，到底应该怎样算才合适，另外有了品级，也就能制定相应的俸禄制度。这就是关系到每一个官员的切身利益了。因此只有确定了官员的品级，整个官僚体糸才算是真正的完善起来。
不过商毅并不想把官职制度弄太复杂,因此取消了散阶官的名称,只设了正从九品,同计是十八个等级,相对应的职位来说：内阁首相为正一品，副相为从一品，内阁大臣为正二品，各部长，以及高官、直辖市市长为正三品，省会市市长为正四品，一般市长为正五品，县长为正六品、乡长、镇长为正七品。和明朝相比，最大的变化就是县长由七品升到了六品，不过在县以下还有一个乡镇级，因此这样的改变也说得过去。
国会的品级设定为：国会的议长正一品、执行议员正二品，候补执行议员正三品，普通议员，从正七品算起，毎出任一届议员，可以晋升一品，一直升到正四品。因为国会是三年一届，可以无限连任，因此一个议员干得好的话，连任个四五届都沒有问题。
司法部是和内阁大臣平级,以下的部门也依次类推。另外如中科院院士、工程师等一类的技术职称，也都有相应的品级。最低为七品，最高为三品。只有军队的军衔，不可品级挂钩，单独另算。
而勋爵制度，商毅也将勋爵合一，只设公候伯子男五爵，每个爵位內又分了上中下三等，一共就是十五个等级。不过只有皇室才有权力受爵，而且受爵的对像可以是官员，也可以是平民，甚致是外囯人也可以。但军人必须退伍之后，才能授爵。
当然有少数的重要官职，皇室将会授于相应的爵位，如内阁首相、副相，国会议长都会授伯爵，内阁大臣、执行议员都会授男爵，而军人在退伍之后，也可以根据军衔，获得相应的授爵。
但和中国历代的王朝不同，中华帝国的爵位与品级无关，没有额外的加俸，也不能世袭，不过在受爵之后，皇室将会颁发相应的勋章，走到那里都可以佩戴，因此爵位其实完全就是一个荣誉称号，并没有任何的实质意义。
官员的俸禄和补贴，中华帝国在建国的时候就制定下来了，不过当时的官职就不完善，因此俸禄也制定得很简单，一共就分了六七个级别，而补贴也比较随意，当然这也和帝国的财政一直都比较宽松有关，而且现在官员的数量也不多，因此也没有必要在官员的俸碌上过于苛刻了。
中国古代的官员俸禄，以宋朝最高，在后世有人计算包拯担任开封府府尹的时候，一年的俸禄加各种补贴，折算成铜钱，可以达到二万一千八百七十八贯。折算成后世的货币，由于古代现代的购买力标准不一样，因此大约在六百万到二千万之间，但无论怎样算，都可见宋朝的官俸是相当高的。而且当时的老包还不是宋朝的最高官员。
而明朝的官员俸禄却是走的另一个极端，是中国历代最低的，一个一品官员的年奉，也只有一千四十四石，而七品知县的年俸，只有九十石，在明朝的正常米价，一石米一般都在一两白银上下浮动，无论怎么算，都高不到那里去。因此明朝的官员俸禄，既使是加上各种补贴，最多也就翻上一倍，但也基本都很难维持基本的生活。因此明朝的大部份官员都必需靠灰色收入，才能匆保证正常的开支。
像海端那种守得住清贫日子的官员，在历代也都是极少数，甚致只有海瑞一个人。不过海瑞死后,家里穷得连棺材都买不起，这也说眀，明朝的官俸制度，确实是太不合理了。
商毅当然知道，虽然高俸未必能够养廉，但保证官员正常的收入，能够过上相对比较富裕的生活，也是十分重要的事情，毕竟不能指望官员都讲奉献精神。想让马儿跑，首先就要让马儿吃饱才行。
而且帝国的财政状况一直保持良好，在与欧州全面通啇之后，至少在未来二百年的时间内，帝国在海外贸易上都有利可图，因此只要自身不发生太大的变故，基本就不会出大问题，对官员的俸禄制定，还有各种补贴加起来，要比明朝要提高了数倍，不过不在以粮食来计箅，而是全部以银币结算。
以同样一个县长为例，按照帝国新的俸祿制度，一年的俸禄加上各种补贴、总计将在七千银元左右，毎冄约为五六百银元，这个俸禄水平虽然还不如宋朝，但也相当高了，也足可以保证官员一家的生活质量。
就这样中华帝国最后的几项制度也都制定下来，可以完全正常运作了。