就在陆军向巴达维亚城发动进攻的时候，成钢也指挥着海军三支分舰队，共计七十三艘各种战舰，从海面上向巴达维亚发动进攻。而荷兰方面也动了全部战舰迎战。
相对于陆军来说，荷兰的海军还是有着相当的战斗力，因为荷兰是以海军素称的国家，而且现在也还拥有四十七艘战舰，其中包括有两艘千吨以上的战舰，尽管在数量上比中华军的舰队有一定的距离，但荷兰舰队有岸炮的支援，因此也能抵消一部份中华军的数量优势。
但战斗开始之后，中华军立刻就立刻占据了战斗的上风，虽然因为顾忌荷兰军的岸基炮火，中华军的舰队无法全面展开，因此舰队数量多的优势也不能全部发挥出来。因伦成钢也下令，让南洋舰队第二、三分舰队组成二支纵队，迎战荷兰舰队，而南洋舰队中实力最强的第一分舰队暂时按兵不动，做为预备队。
这样一来，虽然双方参战的战舰数量基本相差无几了，但中华军的战舰在火炮、吨位上还是占有相当的优势，而且经过了加里曼丹岛海战之后，中华军海军的官兵们不仅积累了大规模海战的经验，同时对纵队战术的理解和运用能力，也都大大提高了一层，因此在战斗中执行战术时也更为坚决果然，始终坚持保持着纵队队形，以整体力量对抗荷兰战舰的自由作战。
尽管荷兰战舰在灵活、机动方面要胜过中华军的战舰，但纵队战术不仅能充份发挥战舰左右两舷火炮的威力，同时也可以让中华军的战舰在火炮、吨位上的优势得到完全的体现，因此无论荷兰战舰如何在自已的前后左右来回拆冲，中华军的战舰都不为所动，保持着纵队的队形，以左右两舷的火炮向荷兰战舰发动轰击，这一样也令荷兰战舰的优势尽丧，毕竟拼起火力来，荷兰战舰远不是中华军战舰的对手。
就这样在这一战中，中华军的整体战术也充份压倒了荷兰的自由战术，中华军的两支纵队就像两条巨龙一样，在荷兰战舰的围追堵截之中，来往纵横，如入无船之境一样，打得荷兰战舰非伤即沉，在进行了两个多小时的激战之后，荷兰舰队已经被中华军击沉了九艘，另有十余艘战舰都有一定程度的损伤。而中华军方面，仅仅只被击沉了两艘驱逐舰。
而且这个时候又出现了另一个对荷兰舰队不利的情况，弹药不足了。本来荷兰舰队出战时携带的弹药就没有满装，而经过了近两个小时的激战之后，已经有几艘战舰上的弹药都己经打光了，其他战舰上所剩的弹药也都不多，最好的也不足四成，因此荷兰舰队的战斗力也在开始下降，而中华军在出战之前，都是得到了充份的补济，毎一艘战舰都装配满了足够的弹药，到这个时候，所有出战的战舰都还保留着六成以上的弹药，仍然保持着足够的战斗力，而在此起彼涨之下，战局也迅速的朝着对荷兰舰队不利的一面发展下去。
这时一直在观战的成钢也果断的抓住了这个战机，立刻下令南洋舰队的第一分舰队也开始投入战场中。
南洋舰队中实力最强的第一分舰队参战之后，也给了荷兰舰队最后一击，旗舰戚继光号一舰当先，左右舷炮一起开火，在十分钟的时间内，就一连击沉了两艘荷兰战舰，随后其他战舰也纷纷开火，立刻将荷兰舰队打得四分五裂。而其他的荷兰战舰上的士兵见大势已去，荷兰士兵自由、散漫、不能打逆风战的特点又一次爆发出来，谁都无心再战下去，纷纷调转船头，向巴达维亚的船港逃去。
有些荷兰战舰在逃跑的过程中被中国战舰击沉，也有一些战舰被中国的战舰缠住，只能向中华军投降，结果逃回船港的战舰只有二十二艘。中华军仅仅只被击沉了三艘战舰，另有两艘战舰受损较重。而一共击沉荷兰战舰十六艘，俘虏九艘。
而在击败了荷兰舰队之后，中华军只是稍作了休整，然后立刻向巴达维亚的海岸发动了进攻，并且封锁住了巴达维亚的港口。
在没有舰队牵制的情况下，岸基的炮火是很难压制得住海上的舰船，因为岸基炮台是固定不动，而舰船都是在海上移动，另外巴达维亚的岸基火炮的数量也十分有限，远远比不上中华军的战舰火力，因此双方进行了半个多小时的对轰之后，中华军以付出两艘战舰被击沉的微小代价，催毀了岸基上大半的炮台，并且在火力上也完全压倒了岸基火力。而这时各战舰上也都派出海军陆战队，放下冲锋舟，向岸基发动了登陆进攻做战。
虽然在岸基上也有一部份荷兰士兵驻守，但在双方的火炮对轰中，也被中华军的火炮打死不少人，而且在火力被压制住之后，荷兰守军也意识到大势己去，因此也都无心再战，还不等到中华军的海军陆战队登陆，就纷纷放弃了陆基阵地，向巴达维亚城里逃跑。结果中华军的海军陆战队也十分顺利的登上了陆地，并且占领了陆基阵地，剩余的二十佘门火炮，也全都被中华军缴获。
在海军陆战队登陆成功之后，并沒有急于向巴达维亚城发动进攻，因为进攻巴达维亚城，是陆军的任务，而海军陆战队也缺少重型爆破武器，冒然攻城，必然损失严重。因此中华军的海军陆战队向巴达维亚的港口发动进攻，同时中华军的战舰也从海上逼近了港口。
逃回港口的荷军战舰还惊魂未定，但马上就发现，原来自己已经被中华军从海陆两路堵在港口里了，这一下可就真的成了瓮中之鳖。虽然荷兰战舰上都装配有火炮，但一来是荷兰各战舰的弹药都严重不足，二来现在大势己去，陆基被中华军占领，港口被封锁住，就算是弹药充足，也不可能扭转战局。而就在这时，不知是那一艘荷兰战舰首先打出了白旗，举手投降，随后其他的荷兰战舰上也都纷纷效枋，都打出了白旗，全部投降因此中华军也没有经过战斗，就占领了港口，而停泊在港口里的二十二艘荷兰战舰，十艘荷兰商船，也都成为中华军的战利品。
这时在陆地上，中华军也己经深入到巴达维亚城里，并控制住了大部份的地区，荷兰士兵和土著士兵节节败退，不是被打死，就是向中华军投降。现在荷兰军队在整个巴达维亚城里，只控制着以议会大厅为中心加上周边的小部份地区。而守兵也只剩下五六百人。
而这时荷兰东印度公司的董事们也都聚集在议会大厅里，有人急得像热锅上的蚂蚁，团团乱转；有人脸色苍白、目光呆滞；有人喃喃自语，但嘴唇直打哆索，还有人拼命的往嘴里灌着酒，而马特索科尔坐在主席的位置上，面如死灰，眼光空洞无神，显然是一付听天由命的样孑。总之是千奇百怪，形像各异。
因为现在的局面已经十分清楚了，巴达维亚已经失守，荷兰东印度公司也彻底失败了。现在所有的董事面临的问题，是选择轰轰烈烈的战死，还是马上投降，苟且偷生。但留给董事们的时间也不多，中华军己经打到了议政大厅，枪炮爆炸的声音己经听得十分清楚，不容他们再磨叽了。
就在这时，终于有一名董事受不了，站了起来，大声道：“投降吧，投降吧，我可不想死了，以后的事情怎么样，等以后再说吧，现在我还不想死啊。”
其实绝大部份董事都有投降的想法，只是这个弯一下转不过来，因为要投降的话，当初就有的是机会，不仅可以保住命，还能保住公司和一部份财产，但却都被董事们放弃了，而现在投降，则是一无所有，连命保不保得住，都还二说，因此也让不少董事们心里都生出早知今曰，何必当初的想法来。但有了一个领头的，也为其他人打开了一个心理上的缺口，因此其他董事也都纷纷表示向中华年投降吧，反正好死不如赖活着。
因此没过多久，在巴达维亚的议政大厅上就打出了一面白旗，中华军见了，也停止了进攻，过了一会儿，只见从议政大厅里走出来几个人，没带武器，高举双手向中华军连络请降。在得到了军长田楚的保证所有人员生命安全的承诺之后，荷兰东印度公司的董事们也都全部走出了议政大厅，接受中华军的控制，将随后中华军派出一支军队，进驻议政大厅，将彻底占领了巴达维亚城。