泰山封禅的风波刚刚平息下来，但南京马上又发生了另一件重大事情，其影响范围，持续的时间，都远比泰山封禅的事件要大得多。
就在李华梅到达南京的当天，由河南、河北、陕西、山东、北京等省地区的一些知名学者的组织下，一共聚集了三百五十八名学孑学者，一起联袂进京向內阁联名上书请愿，这份请愿书洋洋一共写了近万言，并附有数千人的签名，一共写了三大卷卷轴，向南京政府提出了十二条要求，首先就是请施行古制，以仁义礼信治国；其次是罢除奇淫技巧、重视诚心正意，其他还有限制商业、禁止开海、恢复科举旧制、逐驱天主教等等內容。
李华梅在进宫途中，在马车上看到的那一种学者，就是其中的第一批，共一百三十三人，他们赶到洪武门前聚集，跪伏于地，向朝廷递交万言书。而随后另外两批学者也都赶来聚集，这三百多人全部都跪在洪武门前，也将洪武门前的街道挤得满满当当。
虽然是在皇宫之前，但这些奇怪的举动，还是引得不少南京居民远远的驻足观看，而且军队也赶过来，不过这批人都还比较本份，只是老老实实的跪在那里，并沒有什么其他的举动，于是也有一个军官过来，告戒众人，不要轻举妄动。而领头的几个人也保证，自己不会乱来。因此军队也沒有驱赶他们，只是离着几十歩远警戒。
这时商毅正在内阁和众官员们商议事情，听到这个消息之后，也都大感意外，谁也没有想到会闹成这一步。而商毅也意识到，中国的思想冲突已经发展到一个比较严重的地步了。
现在中国的统治虽然稳定了下来，但新旧两种思想的冲突却十分激烈，而思想的分歧大体又分为南北两派，相对来说，北方偏保守，而南方偏革新。只是在此之前，双方的争话都只是停留在学术方面，最多只是在报纸上发文，隔空互相争论一番。而南京政府一般对于学术争论都是釆取不干预的态度，因此对此也没有太在意。
但在新年之后，商毅下旨坚持执行新的科举制度，也成为北南思想冲突激化的导火线。
原来自从宋代以后，南方由于经济发达，教育水平也逐渐高过了北方，明朝开国之后，在洪武年间进行的几次科举中，南方考生的上榜率明显要高于北方，一甲的前三名和会元几乎都是南方人，而状元更是全被南方人垄断。
在洪武三十年的会试中，选出五十一名贡士全部都是南方人，而这一结果这也引起了来自北方考生的极大不满，大批落榜考生跑到明朝礼部鸣冤告状，还有数十名考生沿路喊冤，甚至拦住官员轿子上访告状，有说主考官收了钱的，有说主考官不公的，有说主考官搞地域歧视等等，街头巷尾各式传言满天纷飞。这就是明朝初年轰动一时的南北榜事件。
而明朝也立刻举行了复查。但复査的结果却是，所录取五十一人皆是凭才学录取，无任何问题。因为这个科举都是封名阅卷，主考官根本就不可能知道考生的名字，也无从作弊。而北方考生仍然不一，同时连朝中的官员也牵扯了进来。几乎就要演变成北南之争了。
后来朱元璋出于南北平衡的考虑，自己亲自重新阅卷，将录取五十一名贡士全部改为北方考生，才算免强把这次风波给压了下去，从此以后，明朝也改革了科举制度，实行南北分榜，分别录取，到明朝中期，又演变成了南北中三榜的划分方式。到万历时期又更进一步，在科举中增开了“商籍”，解除了朱元璋时期对商人子弟应试的种种限制。而清朝建立后，也基本沿用了这个分榜制度。
对于分榜制度，商毅并不是沒有想过，因为每一地区的教育水平不一样，后世的高考也分了地区，对边少地区还有一定的照顾，不过明初的南北榜事件是发生在会试的时候，也就是进京考试。但现在中华帝国才刚刚才进行了乡试，还没有到分区的时候，本来是不该引起争议的。但甴于自然科学与以前考应文章不同，文章虽然是有好有坏，但其中还是有一定的弹性空间，没有一个绝对的标准，而自然科学都是有标准的答案，对就是对，错就是错，没有模棱两可，因此不及格就一杆子打死，没有变通的余地。
因为中华帝国是立足于南方建立的，公办学校，以及师资力量也要充足一些，而且南方的思想也相对开放，许多私塾对自然科学也不排拆，还有不少私塾的先生都自学了一些自然科学知识，这样就可以招到更多的学生。因此自然科学在南方普及的也广泛一些。而且在中国的内战期间，南方受到的影响破坏也小得多，甚致是传统教育的沿续性也要好得多。结果在去年的乡试中，南方考生的合格率还不错，虽然也偏低了一点，但也在正常的范围以内，也就没有引起太大的争议，而在北方就要差得多，有一些县连一个自然科学及格的考生都没有，自然也就沒有一个通过的考生了。
乡试都是如此，后来的省试、会试也就可想而知了，再加上新旧思想上的冲突，于是在北方地区的学者也产生了极大的不满情绪。在新年以前，就不少地方的学者都联名上书中央，要求重新举行乡试，并将自然科学的內容从考试中剔除掉。但新年之后，商毅下旨，明确表示乡试的结果是不会改变，而且科举制度也不会改变。因此也进一步引发了北方各地学者的不满。
当然他们现在还不敢公然反对帝国，只能祭出了最后一招，联合进京请愿，向朝廷上联名万言书，而上书的內容除了科举之外，还包括针对帝国的其他制度。当然这也是因为建国之后，商毅对思想言论放得比较松，如果是在清廷当政，那怕是朱重八在位的时候，也都是肯定不敢的。
但不管怎么样，事情总是发生了，因此在接报之后，商毅也下令，停下其他的公务，首先来讨论对这一次请愿的事情怎样处理。经过了內阁众官员简单的讨论之后，众官员们决定，现在不要激化矛盾，首先收下上言书，看一看写的是什么内容，然后再做决定，而对请愿的学者学子们，暂时以安抚为主，可以给他们安排住宿，一来是表示政府的怀柔，二来也是更于管理，免得弄出大乱孑来。
商毅对此到也没有异议，因为这种上京请愿的行为，在历朝历代都有，其实是中国古代民间向朝廷表示自己声音的一种形式，无论这一次请愿的內容是什么，但这种形式是不能禁止的。因此商毅只是要求，一定要让请愿者保持秩序，不许借机对南京的日常生活造成破坏，影响秩序。而请愿者的住宿饮食由朝廷来付责这一点，到是可以，但要派遣军队监视。
内阁做出了决议之后，立刻派出两名内阁官员，出洪武门去面见众学者传达內阁的意见，首先接受他们了上言书，并表示內阁会认真阅读上言书，并上交给皇帝御览，但对上言书里提出的要求怎样处理，还需要时间来讨论，因此请他们暂时在南京等候，并安排他们到馆驿休息住宿，但同时也告戒众人，不许在南京胡作非为，破坏治定，否则一定将会严惩。
这时众学子们在洪武门外跪了半天，也确实足有些累了，而且內阁也接受了上言书，答复的理由也很合理，毕竟将求内阁马上就做出决定也不可能，而且有地方住，包吃包喝，当然不错，起码可以省钱。而组织这次上京请愿的领头几个人也都觉得没有拒绝的理由，虽然在队伍虽也有几个人鼓吵着“如果内阁不答应就跪在这里不走之类”，但见其他人都跟着官员一齐离开了，也熬不住累饿，终于也跟在后面一起走了。
见终于把这批请愿的学者们都安稳下来了，内阁上下也都松了一口气，总算是还没有出什么大乱子，同时又赶忙安排了一队士兵，在馆驿外驻守，当然名议上是保护他们的安全。虽然不限制众人的活动，但要外出时必须登记，发给令牌。
而在內阁里，众官员们也在为上言书的内容议论纷纷，因为看过了上言书的內容之后，绝大多数人对这份上言书提出的要求都嗤之以鼻。內阁成员基本都是追随商毅打天下的人员，一方面是对商毅信任，另一方面也是在夺取天下的过程中，也淸楚这些新政策对于帝国发展的好处，另外也有一些人确实是开扩了眼界，提高了见识，当然也不少人有既得利益在里面。
比如第一条恢复古制，以仁义礼信治国，就连王夫之都认为，这根本不可行，因为什么才算古制呢？是宋朝、唐朝算古制，还是夏商周三朝算古制，而像什么限商、禁海之类，只会造成帝国的财政崩溃，更是不可能。但这次事情怎样处理，确实是一件很麻烦的事情。连商毅一时也有些束手无策