而文书司，审计司这两个直接由商毅管理的部门主事，都由叶瑶瑱来出任。
其实按商毅本事的想法，叶瑶瑱应该是只管文书这一块，因为商毅考虑到自己未来有可能会长期征战在外，真正能管理行政的时间不会很多，家里必需要留一个自己信得过的人坐镇才行，周世奇的能力虽然不错，但一来年岁大了些，二来他的家族在自己的集团中占了很大一块，难保不会行些私弊的事情，必须对他的权力有一些制衡才行。
叶瑶瑱本身就俱被很强的亲和力，而且在这次北京之行中，商毅发现叶瑶瑱其实也有很出色的组织才能，加上她又是自己的正房妻子，当然是最合适的人选。但是在目前来说，商毅手下精通算术的人材不多，而审计司同样也是一个相当重要的部门，一直还找不到合适的人选，而叶瑶瑱以前做过财政，对审议的一套也比较了解，因此只能由叶瑶瑱来兼任。这样一来，以后自己出征在外，家里有叶瑶瑱和周世奇共同处理，应该可以让自己放心的。
整个民政系统就这样确定下来，而在统战部方面，参议司主事是唐镇，其实目前来说，这个部门的主要任务还是训练士兵，战斗计划基本是由商毅来制定，因此唐镇是最适合这个位置的人，因为虽然后来的战斗他基本都没有参加，但后期加入穆陵军的士兵基本都是由他来督促训练的。
军情司主事是周琦，他本身就是侦察营的营长，而商毅集团目前的情报工作，还是以临阵打探敌情为主，碟报，暗哨，长期潜伏的人员暂时还没有，因此这个职位自然非他莫属了；军器司主事仍然是孙和鼎，这一点没有变化；只有后勤司这个位置一时还找不到合适的人选，只能先让孙和斗来担任。
这下各部门的主事人员都确定下来之后，商毅命令各部门下面的分支结构的安排和工作人员都有各主事人员自行设定和委任，并在十天之后甴各位主事将本机构工作人员名单和工作计划都交给商毅来确定。同时商毅对各司的工作责任要求，规章制度都做出了比较详细的规定。
整个行政系统建立起来之后，商毅也十分满意，如果试行一段时间，能够不出大问题，那么估计用这样一套班子，可以稳定的保持相当长的一段时间了，就算是自己以后能够建立一块新的根据地，也是基本上也都足用了。
行政机构完善下来之后，商毅也立刻开始建全军队的建制, 这也是为出兵南下作准备。
目前穆陵军的整编工作以经基本完成，五个团和两个独立营的人员以经全部到位，接下来是各团营的武器装配、作装行动统一标准和糸统训练，以及后勤保障方面的事情。
商毅首先确定，对军队正式定名为商家军。对这个名字，军中的诸将都没有反对意见，因为在明朝本来就出现过一支以主将姓氏命名的军队——戚家军，有这个先例在，别人也说不出什么来。而且这支军队也确实是商毅一手创建起来的，商毅不仅是这支军队的最高指挥官，同时也是全军的精神支柱，可以说一但商毅不在了，这支军队就会立刻瓦解。
按照商毅的想法，第一团将留守在穆陵关，以第二团和第三团，骑兵营和两个侦察连为主力，出兵南下，第五团为预备队，第四团付责运送粮草物资。这一点相当重要，因为打仗从一定程度上说，就是拼后勤，尽管按明朝的规定，军队所到的地方，都甴当地提供粮草，但商毅现在可不敢相信明朝各地的官员，另外穆陵军是以火器为主的军队，对后勤的依赖相当大，就算地方上能提供粮草，也不可能供应弹药，因此还是自立更生为好。
按照商毅制定的标准，毎个团应该配备的主要火器是一千八百多支火枪和二十门火炮。
而商家军原来有火枪两千多支，这段时间以来，又修复和制造了一部份火枪，而且商毅从北京又拉回来了大量的火枪火炮，因此目前全军共有各种火枪五千五百多支，俱体为：燧发枪加上改装的共八百余支，鲁密铳一千二百余支，鸟铳三千二百余支，自行生产的火枪三百余支。迅雷铳四十八支。火炮六十六门，其中有两千斤红夷大炮六门，一千斤红夷大炮六门，一号佛朗机炮八门，二号佛朗机炮十六门，三号佛朗机炮八门，四号佛朗机炮六门，虎蹲炮十六门。
按现在的火炮、火枪数量，缺口还很大，仅仅只能够装配三个团。对此商毅决定，将第二团和第三团按标准配置装配，毎个团装配两千斤红夷大炮二门，一千斤红夷大炮二门，一号佛朗机炮三门，二号佛朗机炮四门，三号佛朗机炮三门，虎蹲炮六门。一千八百九十二支火枪。
而第四团和第五团因为是预备军和运输部队，因此不用装配比较沉重的红夷大炮和一号佛朗机炮，只配备较轻的二号佛朗机炮四门，四号佛朗机炮三门，虎蹲炮二门。另有只装一个营即八百四十二支火枪。只有第一团暂时不装配任何火器。
武器的分配就这样决定下来。但由于火枪一下子增加了一倍多，虽然商家军一直保留着一部份预备火枪兵，但依然出现了大量缺额，必须训练新的火枪兵。同时商家军还增加了十二门红夷大炮，这可是商家军以前从未使用过的大炮，因此炮手们必需尽快熟悉红夷大炮的使用性能才行。
训练大体分为两类，新火枪兵仍然从基本的火枪射击和三段连射开始练习，而老火枪兵则开始进行突击、冲锋、包抄、与火炮、骑兵、长枪兵协同作战等练习。
虽然在此之前，商家军和清军作战中取得了很大的战果，但基本的作战方式都是先守住城池，在守城战中消耗敌军的兵力和士气，然而寻找机会，给敌军发动致命一击。即使是有小规模的野战，也是先排好阵式，等敌军攻上来，本质上和守城没什么两样。完全属于防守反击型的战术。
当然在面对强敌的时候，防守反击确实是一种合理而有郊的战术，但商毅考虑到，这一次南下，面对的可不是战斗力出众的清军，而是相对实力差得多的农民军，因此在南下以后的战斗，不会全是守城战了，野战，白刃战、攻坚战、遭遇战都会遇到，对商家军来说，将会是一次转型之战。那么在现在就要本着以实战为目标的原则，进行有针对性的训练中。
因此在训练中商毅一方面着重增加了拼刺刀的白刃战训练，另一方面也重点加强在遭遇战时，通过挖战壕，利用布袋盛土等方式，快速建立简易阵地的训练。对于以火枪为主要战斗武器的商家军来说，熟悉战壕作战技术，也是由为重要的。
同时还要考虑到南方的炎热、和多雨的气候特点，商毅也加强了士兵在高温情况下行军作战，在大雨中行军作战的训练。现在以经是五月中旬，基本以经进入全年最热的时候，虽然是在小冰河时期，这一段时间的气温依然会达到三十度以上，由其是在正午的时候，太阳也非常毒辣，但却成为商家军雷打不动的固定训练时间，而只要是遇到下雨的天气，都是商家军的重点训练的日子。
不过现在军队训练的俱体事情以经不用商毅再操心了，因为商家军里以经有了一批合格的中层指挥官，商毅只需做好训练计划，然后交给其他各团的团长、独立营营长，由他们根据自已的计划，自行安排每天的训练项目就行了。而唐镇的工作是付责組织和协调大规模模拟实力训练和各兵种的协调配合作战训练。商毅只是不定期的进行抽查和检验。
不过商毅打算在自己出发之前，写好一本［步军操典］的手册，交给留守的唐镇，以后对士兵的训练，就全部按照［步军操典］的要求来，也就不用商毅时时刻刻盯着了。
同时，商毅还给全军设计制定了统一的服装和军旗。
其实各代的军队都有自已的军服和军旗，明朝的军服除盔甲之外，一般都是鸳鸯战袄。而军旗除了主将的姓氏之外，一般都会使用猛兽的图案标志。
不过商家军从来就没有穿过鸳鸯战袄，一方面是来不及制做，另一方面也是商毅不想将鸳鸯战袄作为自己军队的统一服装。全部采用绿色棉布制作，对襟、短掛、窄袖，带肩章，小腿用白布打绑腿，穿多耳麻鞋的军服，并加上一顶八愣带沿的军帽，正中还镶着一颗五角红星。完全就是仿造后世共和国军队的野战军服。而军旗也是釆用五角星为主图案，再铺以其他的猛兽图案标志
其实军服和军旗是什么形式，这本身并没有什么太多的意义，反正把盔甲一套，就全都遮住了，而且商家军的将领和士兵大都是农民出身，也没穿过鸳鸯战袄，因此众将看了商毅设计的军服和军旗样版时，都没有什么异议，相反对红五角星标志觉得十分新鲜。
其实将商家军的军服和军旗设计成这种样式，这完全都是出于商毅的怀旧情节，谁让他是特种兵出身呢？对于绿军服、红五星有着一种特殊感情，在估计不大可能回到自己原来那个时空的情况下，只能以这种方式来记念自己以前的生活。