十月三曰, 第一、二、三、七军的军长成进、罗远斌、杨武丞、段鹏四人，还有长江舰队的统领黄震，都赶到了杭州。而商毅也立刻招开了军事会议，开始正式布置进攻南京的军事行动。
现在商家军在江南一线的兵力分布为：
第一军辖第一、五、七、二十、二十三师，第一、五、十九旅。其中第五师己随跨海突袭舰队出征，现在共有四个师、三个旅，总兵力六万四千人左右。除了二十师驻守杭州之外，其余都驻守在广徳、宜兴一线。
第三军辖骑兵师、第十五、十九师，第六、十七旅，共计总兵力四万五千余人，现在都驻扎在常州府一线，只有十七旅驻守在苏州。
第七军辖特种兵师，第十师，第十六、十九、二十一旅，但特种兵师中抽出一个团，参加跨海突袭，现在总兵力为三万一千人左右。驻守在浙南，衢州、严州一线。
商家军在浙江的兵力总计为十四万左右，另有六个预备旅。
而驻守扬的第二军，在将三旅划归第六军之后，现在辖第三、四、六、十七师，第十三、十八旅，总计兵力为五万七千人左右。
同时还有长江舰队，大小战船一百零三艘，辅助战船六十二艘，总兵力一万三千多人。
这样算起来，商家军投入收复南京战役，要投入四个军，一支水军，总兵力将可以达到十五到十八万左右，这也是商家军有史以来，在一场战役中，投入兵力最多的一战，而且还是水陆两线的协同作战。全军包括商毅在内，也是第一次指挥这么多的军队。
不过战前的各种粮食、弹药、帐蓬、车辆、药品等物资都己经基本的准备齐全，另外还征调了四十万民夫，供应战事的运输所用。各方面的工作也是千头万缕，既繁锁，又复杂。好在是现在叶瑶瑱产后恢复得还不错，已经可以开始理事了，因此政务方面不需要商毅操心，同时还把王夫之和李松晨都解放出来，可以全意投入到战事的后勤供应中去。
这一次招来四位军长，是商议决定俱体的军事计划，众人经过了仔细的讨论之后，作出最终的决定，整个收复南京的军事计划将分三个阶段进行：第一阶段由第一、二军，加上长江舰队联合作战，首先要攻取镇江，直接危胁南京；第二阶段甴第一、七军合力作战，攻取宁国府，第三军将从和州出兵，渡江进攻太平府，而第二军付责牵制南京的清军，长江舰队付责封锁南京一带的长江水道，完成对南京地区的彻底包围；而第三阶段就是集中全部兵力，全力进攻南京城。
计划制定好之后，罗远斌、段鹏都返回自己的军中，准备部队，暂时待命，而成进、杨武丞、黄震三人还留在杭州，继续商议进行镇江的俱体作战方案。
算起来商家军己经对镇江发动过两次进攻，不过前两次的主要目地是牵制南京的兵力，并不是真正要夺取镇江，而这一次，就要全力进攻镇江了。镇江是南京东面的门户，地理位置十分重要，因此也是清军守卫南京的重点一线，在这里布置了三万清军驻守，火炮五十余门，火铳兵四千多人，
而且一但镇江受到攻击，南京都会立刻派出人马来救援，因为镇江离南京只有一百二十多里的路程，如果是急行军，从南京发来的援兵，一天就可以赶到镇江。
而针对这些情况，商毅决定，第二军除了驻守苏州的十七旅之外，其余兵力全部出动，共计三个师、一个旅，三万八千多兵力，沿运河出兵，经丹阳县、丹徒镇，从东面进攻镇江；第一军出动第一、二十三师，第一、五旅，共计三万五千多兵力，从宜兴出兵，经溧阳、金坛、句容县，从南面进攻镇江，并且付责阻挡南京的援军，留下五师、十九旅分别驻守广德州和宜兴县。长江舰队也全部出动，在仪真县附近集结，阻挡清军的水师救援镇江。
成进、杨武丞、黄震是十月五日离开杭州，返回各自的驻军，这时各部队的兵力都就已经都集结好了，在十月七日，第一军首先出兵，向镇江府发动了进攻，在十月八日，第二军也从常州出击，而长江舰队在十月十日，也从静江、通州等地开拔，逆江而上，向镇江推进过来。
这次进攻镇江，商家军共计出动了七万三千左右的兵力，和长江舰队的全部兵力，和前两次进攻镇江的战斗相比，完全不可同日而语。
而且这一次出兵之前，在向全军作动员工作时，也正式提出“逐驱鞑虏，收复南京”的口号，尽管一般的士兵对当前的局势并不一定都了解，但也清楚南京是原明的两都之一，是一座意义不同寻常的城市。甴其是去年底、今年初参加过南京战役的士兵，听到这个口号，也都十分兴奋，攒足了一口劲，一定要把南京再夺回来。因此全军上下的士气极为高涨，各条战线的攻击都极为猛烈，尽管清军在镇江府布置了重兵防守，但也挡不住商家军的猛烈进攻，节节败退。
在十月十日，第一军首先攻下了溧阳和金坛两县，而在十月十一日第二军也攻下了丹阳。十月十五日，第二军又攻占了丹徒镇，正式逼进到了镇江城。而就在同一天，长江舰队的先锋，第一分舰队也到达到镇江至高资县一线的江面上。
守卫镇江的清军将领是贝子满达海是努尔哈赤的直系子孙，礼亲王代善的第七子，算起来是和洪承畴一起进剿湖北的勒克德浑的叔叔，不过勒克德浑的父亲萨哈璘是代善的第二子，兄弟两的年龄差别很大，因此满达海比勤克德浑也大不了几岁。不过萨哈璘虽然死得较早，但在世时己被封为和硕颖亲王，因此勒克德浑做为萨哈璘的长子，己受封为多罗贝勒，而满达海现在尽管爵位己被封为国公，但宗室的位份却不高，还只是一个贝子。
不过作为满清的第三代子弟，满达海还保持着尚武的传统，在松锦大战中崭露头角，入关之后，一直随阿济格作战，也立下了不少功劳。现在驻守镇江，在前两次商家军进攻镇江的战斗中，虽然是未尽全力，但满达海的表现也可圈可点，因此听说商家军再次向镇江发动进攻的时候，满达海到并不紧张，相信自己一定能够再次守卫住镇江。而且南京的援军也随时可到，这也让满达海觉得有恃无恐。
但这一次商家军对镇江的进攻之猛，投入的兵力之多，却大大出乎了满达海的意料之外，眼看着只有几天的功夫，镇江周边的地区己经都被商家军攻占，满达海也不由紧张了起来，知道这一次的进攻，并不是自己或是镇江的兵力所能应付的了，因此一面收缩兵力，将人马全部都聚集到了镇江城外围一带驻守，一面派人向南京的多铎求救。
但就在这时，镇江西南面的句容县，也被商家军攻克了。
句容县实际是在南京应天府的管辖范围之内，位于南京到镇江城的中心稍偏南一点的位置，和南京、镇江正好构成一个等边的三角形，因此想要从南京救援镇江，虽然不是一定要通过句容县，但也必须从句容县傍边经过。因此想要阻止南京的淸军救援句容，就必须首先攻取句容县。
也正因为句容县的位置如此重要，因此清军在句容县也驻守了六千多的兵力，并且也加强了城墙等防御工事。也成为这一次商家军向镇江发动的进攻开始之后，第一个遇到有抵抗力的地方。
但商家军这时士气正旺，弹药充足，当然不会被这区区一座小县城给难倒，而且在前几天的战斗中，一直都是势如破竹，清军跟本就没有任何的抵抗之力，并沒有打什么大仗，兵力几乎毫无损耗，将士们在欣喜之余，都觉得有些意犹未尽，因此也盼着清军能够给力一点，也好痛痛快快打一仗。
因此在商家军向句容县的进攻开始之后，首先以密集的火力，对句容县展开覆盖式的打击，各种炮弹、火箭或直射、或曲射，仿佛像不要钱一样，转眼之间，句容县的城墙就被爆炸给完全覆盖。尽管清军己经加固了句容县的城墙，但句容毕竟只是一座县城，而且在短时间内，清军也不可能将句容县的城墙完全重筑一遍。因此经过了商家军大半个时辰的狂轰滥炸之后，句容县的城墙也被炸得遍体鳞伤，有好几处地方都被炸塌，出现了好几个大缺口。
还不等硝烟散尽，商家军的突击部队就举着雪亮的刺刀，向句容县发动了猛攻，在一个多时辰的激烈的白刃战之后，清军终于抵抗不住，败出了句容县。
而这时洪承畴急促促的赶过了长江，来到南京。