有人欢喜就有人愁，商毅的这个新年过得非常愉快，但清廷却充满了杯催的气氛，整个新年里也都悲悲沉沉，如丧考仳一样。
谭泰、伊拜图、佟图赖、石廷柱等人率军回到北京之后，多尓衮立刻下令，命郑亲王济尔哈郎、英亲王阿济格率谭泰、佟图赖、领十万大军出关，收复辽东。伊拜图、石廷柱领五万人马，收复天津，驻守海边。
但等济尔哈郎、阿济格的大军，杀入辽东的时候，商家军早己从盛京撤军，但盛京地区的三大皇陵全部都遭到了极大的破坏，而且商家军撤离的时候，又放火将盛京全部烧毁，留给清军的，只是一片废墟。消息传来北京之后，朝野上下立时恸哭一片，不少人都哭得几度昏迷，死去活来。还有不少人都吵吵嚷嚷，要求清廷立刻出兵，和商家军决一死战，报此不共戴天之仇。
而清军接手的辽东，完全是一个乱摊子，商家军在辽东的时间虽然不长，但破坏力极大，除了盛京之外，还连毀了好几座州城，导致几十万人成为无家可归的流民，只好四外流窜，以抢夺求生。因此商家军虽然退了，但辽东依然不安定，清军还需要四处平定流民之乱，在短时间内，无法从辽东抽身。
而且多尔衮也知道，就算辽东安定下来，清廷也没有力量向商家军发动进攻，因为这时清廷已经收到了南京失守，多铎被擒，驻守南京的十几万大军全军覆没的消息。在这种情况下，商家军不乘机发动北伐，就已经是好的了。因此多尔衮一面严今将这股呼声强压了下去。一面又以皇帝福临的名议, 下罪己诏。
随后多尔衮又得知，商家军在攻占了南京之后，正在占领江南的湖南、江西两地，并且和南明各朝廷发生了冲突，心里也大为放心，看来商家军还没有北伐的意图，而且如果商家军进一步和南明各朝廷发生恶交，说不定会把商毅的注意力吸引到南方去，这对清廷当然是一件好事。
但清廷下一步将做何打算，如果商毅真的和南明恶交，清廷是选择坐山观虎斗，还是出兵联合一方，而且引伸一下，清廷的最终目标，是满足于现在南北分治，还是仍然要统一天下，多尔衮现在也心里也没有一个准主意，论行军打仗，多尔衮确实不比皇太极差多少，但论大的战略眼光，高瞻远瞩，定策决断，多尔衮也不得不承认，自己拍马也赶不上皇太极。而且在这方面，满旗重臣也帮不上多尔衮多少忙，因此只能依靠汉臣。
多尔衮首先找范文程商议，而范文程建议，最好是先招回洪承畴，一来是了解一下前线俱体的情况，二来也是听一听洪承畴的想法。多尔衮也从其言，下旨招洪承畴回京面对。
就在这时，又传来消息，商毅在南京对清军进行公审，将六千多清军，连同多铎等十余名高级将领持行枪决，同时还在［杭州时报］上发表了一份充满了示威口气的发言，这个举行也让多尔衮大为震惊，同时也感到一阵心寒，一来是没想到商毅会这么狠，二来商毅这明白着是向清廷挑畔，表示他根本就没有把清廷当一回事，想杀就杀，丝毫不留情，就好像过去清军杀汉族人一样。
但问题在于现清廷根本无力向商毅发反击，而且就是有力量，多尔衮也不敢轻易向南方进攻了，如果多尔衮也能穿越一把，首先要做的，就是绝不再发动第二次南征了，只可惜没有后悔药吃，也只能这么忍着。而且也不禁老调重谈，商毅到底是从那里冒出来的人呢？为什么会这么厉害。
但想想过去二三十年里，清军一直都打得明军满地找牙，皇太极甚致口出狂言，清军对明军可以以一敌十，几曾遇到过现在的局面，因此在清廷之中，也开始出现种种流言，认为清军所以会惨败，完全都是因为多尔衮太无能，如果先帝还活着，这时早就己经统一天下了。
听到这些消言之后，多尔衮心里又气又悔又恨，他当然知道, 这是政敌对自己的攻击, 但碰上商毅这样的怪物，皇太极活着又能有什么用，结果恐怕还不如自己，要怪只能怪自已命不好，怎么遇到商毅这样一个对手，皇太极怎么就死得那么早，把个烂摊孑甩给了自己。
结果生气带憋火，同时又伤痛多铎惨死，多尔衮又一次病倒，在床上躺了十余天没起来。幸好这次济尔哈朗不在北京，要不然还真就危险了。
洪承畴回到北京的时候，己经是正月初二，他的新年是在回京的路上过渡的。
当然现在洪承畴也无心过年，说实话这一路上洪承畴心里也颇为不安，也不知道自己这次进京的命运如何。不管怎么说，自已也是这次南征的主将，现在遭到这样的惨败，自己肯定是脱离不了付责的。
当然在回北京之前，通过种种手段，洪承畴终于迫使赵岳倔服投降，也算是最后有一点收获，在一路上洪承畴毎天都和李本深、赵岳讨论商家军的战术以及训练方法，一来是打发旅途时间，二来也是认真准备，进京之后应对多尔衮的种种对策。而每谈论一次，洪承畴也都自觉受益非浅，但自己准备的这些东西，能否打动多尔衮，洪承畴心里也没有底。
一行人走到阜城门外的时候，只见一队清军，押着数百名带着手铐脚镣的男女，从阜城门里出来，被押的人一路走一路哭，而士兵还在不断的喝斥打骂。隐隐约约可以听到：
“官爷,我们真的是冤枉的呀”
“少废话，管你们冤不冤枉，快走快走。”
“求求摄政王，饶了我们吧，我们真的没有谋反啊！”
“摄政王那有空见你们，认命吧，要怪就怪你们都姓朱，下辈子托胎，千万别投到姓朱的家里。”
沿路上也有不少看热闹的人，指指点点，议论纷纷。而洪承畴眼尖，到是看见当先一人竟里原明的潞王朱常淓, 不过这时他一头散发, 身穿罪衣, 还带着手铐脚镣, 目光呆滞, 一付听天由命的样子。心里也不觉有些奇怪，派一个家人去打听是怎么回事。
不一会儿家人回来告诉他，这些被押的人都是原明的宗室藩亲，据说是勾接南方的朱氏余孽，图谋造反，都被处以极刑，今天是推出去处斩的。
原来商家军在辽东大闹了一场，把爱新觉罗氏的祖坟都给刨了，又在南京十分高调的把六千多名满旗俘虏处决，在清廷上下确实引起了极大的轰动，现在清廷沒有力量去打商毅，只能把气撤在北京的汉族人身上，八旗贵族们自发组织起来，也把眀朝的皇陵也给破坏一空。
同时还有不少激进份子，要求将留在北京的原明降官统统杀了，为这次南征死难的清兵报仇；还有人觉得只杀降官还不解气，要求也杀六千名汉人；更有极端的，更致建议把现在清军占领地区的汉人全部都杀光，然后退回关外去。
多尔衮虽然也很想杀一些人来解气，但也不敢接受这么极端的做法，虽然多尔衮并不害怕什么人民的力量之类，而且现在关外才多大一点人，汉人虽然懦弱，但论数量足是满人的数百倍，如果要把汉人全都杀光，恐怕也会逼得所有的汉人都反对清廷，何况现在清军中就有不少汉族人，汉族官员也有不少身居要职，万一把他们都逼急了，和商家军勾结起来，清廷绝不是对手。因此绝对不能这么做。
但如果不杀一点人，多尔衮心里这口气也出不来，因此也只能对明朝的宗室藩亲下手，借口他们勾结南方，意图谋反，将留在北京，以及这两次南征抓回来的明朝宗室藩亲连同他们的家属，一共有千余人，全部处斩，也算是可以出一口恶气。
洪承畴虽然不知道这些內幕，但以他的老于世故，那会猜不出来其中的缘故，因此也只好叹了一口气，摇了摇头。他当然知道, 清廷的这些做法, 对商毅没有一点损失, 相反还会激怒所有的汉族人, 那么这是否也在商毅的计算之内呢？
而这时他们身后，赵岳的声音道：“这些人都己经一无所有了，还能够造什么反，真是欲加之罪，何患无辞。”
洪承畴回头看了他们两人一眼，见李本深对此并无励干衷，就当是没看见一样，但赵岳却是一脸忿忿不平的表情，嘴里还嘟嘟囔囔，不知在说些什么。洪承畴也知道，赵岳虽然被迫投降，但心里多少还是有一些不甘心，不过这要等自己慢慢来收服他，道：“你们两人记住，现在已经进京了，比不得在军中可以随意，千万不可造次，否则就是我也保不了你代。”
李本深忙道：“大帅放心吧，小人绝不敢任意妄行。”
而赵岳只是点了点头，道：“知道了。”
看到赵岳的表情，洪承畴也拿他没有办法，只好苦笑了一声，道：“我们进城去吧。”