从苏州刚回到杭州，商毅就收到江北的消息，清军正在从安庆、庐州、凤阳等江淮的各地区进行大规模撤退。
本来这是一件好事，清军主动撤出江淮地区，也省了自已许多事，但清军并不是一次单纯的退军，而是一次破坏性的撤军。
这种做法在过去清军也经常做，在清廷未入关之前，一共发动过五次对明朝的进攻，毎次都深入明朝境内，大肆烧杀抢掠，而在撤退的时候，不仅会虏走大量的人口，还会毁尽所过的一切城地，带不走的人口则全部杀光。不过这一次清军改变了过去撤军屠城的做法，在毎撤离一个城市之前，清军会首先将百姓手里的粮食、银钱尽量全部收走，然后将百姓全驱逐出城，然后放火将全城烧光，但却并没有屠杀百姓。
不过没有屠杀百姓，并不表示清廷变得仁慈了，而是在学习商毅的做法。商毅在突袭辽东的时候，也是釆用的这种做法，毁城留民，结果在辽东地区造成了大量的难民。也使商家军撤军之后，清廷仍然不得不在辽东驻守大量军队，以防难民变成暴动。而现在清军在江淮地区，也来了一个以其人之道，还治其人之身。也在江淮地区制造出大量的难民来，目地就是为了牵制商毅的精力。
在收复了湖北之后，商毅也曾想过，清廷有可能会放弃江淮之地，把人马都撤到淮北去，但最终认为这种可能性并不大。“不计较一城一地的得失” 这句话说起来虽然轻松，但做起来却不是那么容易，主要撤地，不仅会大伤军心士气，而且也会在本国承受巨大的舆论压力，商毅当初敢放弃南京，那是因为当时南京本来也不是自己的地方，而到了后来南京失守，商毅可不敢放弃任何一块浙江的地区了。因此商毅也并不认为，多尔衮敢有这么大的气魄。
但现在看来，商毅的判断显然是出现了错误，事情并没有绝对，清廷偏偏就放弃了江淮，而且还是最极端的做法，毁城留人，制造难民。因此商毅也不禁苦笑了起来，真是应了那一句话，出来混，都是要还的。不过商毅还是有些纳闷，难到多尔衮真的就不怕承担这个后果吗？
但就像清廷不可能放任辽东不管一样，商毅对江淮地区本来也是志在必得，因此同样也不能不管，明知是一块烫手山芋，也不能不拾起来，收拾清军就下的乱摊子。尽管江淮地区离浙江很近，商毅手头上还有相当的存粮，只要是救济得极时，还是可以稳定住江淮地区的局面的，但也至少花四五个月的时间。
而且江淮地区包括安庆、庐州、凤阳、淮安四府，历来都中国的人口稠密地区，在万历年间，总计人口达二百七十余万，虽然现在几经战乱，大约只剩不足一半，但也不是一个小数字，足以耗光目前商毅存余的粮食物资，也就是说，就算把江淮地区稳定下来，至少在今年，商毅基本是不可能发动五万人规模以上的战争了。而等到明年的时侯，清军估计也能够缓过了这口气来。因此也不得不说，清军的这一计用得确实很高明。
不过事情己经发生了，后悔牢骚都没有用，只能去积极面对现实，好在也算是把江淮地区得到自己手里了，并非是一无所获。因此商毅下令，第一军立刻向江淮地区进军，驻守扬州的部队马上进驻凤阳府；驻守和州、滁州的部队进军庐州府；驻守江南的部队进驻安庆府，一面接管地方，维护治安，稳定住百姓，一面追击清军，将清军的破坏活动降到最低。
同时又命周少桓领第四军立刻占领淮安府，然后向徐州地区发动进攻，迫使清军收缩兵力，尽快撤军。而湖北军区也由黄州府跨过大别山，向河南府的汝宁州地区发动进攻，也是牵制清军的兵力。
随后又命行政司立刻安排人手，分别向江淮地区运去大量的粮食、盐、帐蓬等生活必用品，以免引起难民暴动，但对己经发动暴动的难民，则要给予坚决时打击，绝不能手软。如果人手不足，就从湖南、江西地区抽调一部份军队。
周士奇、王夫之等人也深知流民的危险性，一但处理得不好，就容易引发大规模的农民起义，说起来明朝其实就是毁在流民，因此也都不敢怠慢，立刻开始布置起来。
一直到一个月之后，商毅连续收到了北京发回来的情报消息，才知道这次清军的江淮大撤退，其实是有着非常复杂的政治斗争背景的。
原来丢失了湖北之后，济尓哈朗退守到南阳，这个时候他己经完全明白，自己根本不是商家军的对手，湖北、江淮本来就是守不住的地区，自已被派南下督师，根本就是自找罪受，反到是替多尔衮承任了这次失败的罪名。因此济尔哈朗也是又气又恨，但心里也明白，自己想借南征惨败来扳到多尔衮的计划，己经彻底失败，在连失湖北、江淮之后，自己想取代多尔衮是根本就不可能的事。于是也主动上奏朝廷，为自己这次失败请罪，并表示自己愿意退归林下，永不问事。其实就是向多尔衮认输了。
等济尓哈朗的请罪奏章送到北京时，多尔衮还在称病不住，仍然是由代善代理摄政王事，而回给济尔哈朗的旨意中，并没有批准济尔哈朗的请辞，只是将他责备了一番，但命他立刻开始布置守卫江淮。不过在圣旨的最后，说得十分含糊，只说江淮之地，可守则守，不可守弃，一切可以便易行事。
济尓哈朗一看就明白，这是朝廷准备要放弃江淮，但又不愿担这个责任，正好可以把丢失江淮的责任推到自己这个替死鬼的头上来。不过事情到了现在这一步，也没有别的办法，反正己经失了湖北，只能再当一会替罪羊了。因此济尔哈朗把南阳的事情交给勒克徳浑，自已来到凤阳，开始着手布置撤军。
果然清军连失湖北、江淮的结果传回北京之后，整个清廷也再一次被震惊，而且这一次不同于南京失守和辽东被袭，南京毕竟是远在江南，至多是不会让清廷统一天下，而商家军对辽东只是突袭，不会长久。而湖北、江淮地区则不同，它们都是位于中原腹地，不仅是江南的屏障，同时也是北方的外层前沿，一但湖北、江淮失守，中原、关中地区也就将直接面对商家军的兵锋。而接下来, 就是京师。
尽管湖北和江淮失守，不一定就意味着京师不保，但照这样的势头下去，谁敢保证，商家军不会一鼓作气，一直从南京打到北京来呢？
而且还是屋漏又遭连夜雨，商家军就够让人揪心的了，偏偏又在这个时候，吴三桂从四川发来奏章，向朝廷报告四川的战事情况，吴三桂也表示，现在川中基本平定下来，自己麾下己经拥有三十万大军，留在川中也无事，因此也愿意听从朝廷的调遣，出川和商家军作战。
朝中的大臣谁看不出来，吴三桂那是向朝廷请战，分明就是在威胁清廷，要不然干嘛宣称自己有三十万大军呢？
就在第二天，四川又有公文传到北京，不过这次不是吴三桂写来的，而是四川的地方官员，以及清军的将士们联名向朝廷发来的上奏，称四川初定，还有明朝、大顺军、大西军的残余势力尚未肃清，而且在外又有商家军在湖广虎视眈眈，四川尚不安稳，现在唯有吴三桂才能坐镇四川，才解够力保川中稳定，因此希望清廷让吴三桂留守四川，开府理事，不可轻易调离。
原来现在吴三桂己经占领了川中和川南的十二个州府，拥有四川大半地区，而且两个主要的大郡，成都和重庆也都在吴三桂的控制之中，同时人马也扩展到十五万左右，现在也是坐镇一方的割据势力了，吴三桂当然不想再继续受制于清廷。
而就在这时候，商家军已经占领了湖广，和四川东部全面接壤，吴三桂也大吃一惊, 急忙派兵加强川东的防守。不过商家军暂时还没有对四川用兵的意图，而是把目标放在江准，因此在占领了湖广之后，也就按兵不动，没有继续向西进攻。
商家军不动，吴三桂更不敢主动向湖广进攻，因此双方各守边界，到也相安无事。而吴三桂却忽然发现，这是好机会，因为虽然自己占领了四川大部，但毕竟没有得到清廷的正式认可，而现在吴三桂也不敢轻易甩开清廷，立马扯旗自立。而商家军夺取湖北，又进攻江淮，可够清廷受了，现在的清廷一定沒空理会别的事情，自已还不趁机抓住这个机会，迫使清廷认可自己占领了四川这个事实，还等什么。
而且现在商毅的势力己成，只要他能够和清廷这样对持下去，也就不用怕清廷来对付自己，还可以夹在两大势力之间，左右逢源，等他们拚个两败俱伤，说不定还能来个渔翁得利。因此吴三桂才捣鼓出这两份公文发到北京来，同时还把自己的兵势夸大一倍，己璔加威吓的效果。