战争的危胁暂结束，而吴三桂也表现得非常恭顺，给足了大清面子，多尔衮复出之后的第一把火总算是烧得不错，也受到了不少好评。因此多尔衮的地位也暂时稳定了下来。
多尔衮当然清楚，现在清廷最大的危胁还是商家军，虽然说清廷己经认同了和商毅讲和，但这只是清廷单方面的想法，商毅是怎么想的，还不好说。因为多尔衮并不知道，商毅其实也有停战几年的打算，因此在没有一定的把握之前，多尔衮也不会轻意启动和商毅讲和的程序。免得自讨没趣。
同时多尔衮也明白，讲和同样也是靠实力支撑，从现在形式来看，商家军是停止进军只是受制于淮南的动乱，只要是安定好了淮南地区，商家军随时可以再向清军发动进攻，最多只能保持到今年结束的时间。也就是说，无论双方讲和成不成功，清廷必须要在今年剩下的七个多月里，做好迎战商家军进攻的准备。
这时洪承畴己经在榆林招募了八千多人，并且开始按商家军的训练方式，开始训练了两个多月。不过目前清廷面临的最大困难是兵力不足，现在清廷的兵力大体分布为：辽东还牵制着清廷十余万大军，因此在河南、淮北一线的驻防兵力只有十万左右，由其是在河南，兵力只有四万多人。再加上山东的七万，清廷在边境的兵力竞不足十八万。而目前清廷的可调之兵，不足十万，而且都是驻守各地方的二三流部队，不仅战斗力不能保证，而且也极不可靠。
因为在南征失利之后，八旗精英几乎完全损丧，现在满州八旗的全部剩余兵力加起来，还不到三万，其中山东的阿巴泰手里有一万，京师三大营约有一万五千，而在河南、淮北一线竞不足五千。而汉军八旗也损失了近三分之二，只有蒙古八旗的损失稍好一点，这主要还是因为这次南征蒙古八旗参与的兵力并不多。
在满蒙汉八旗中，蒙古八旗的地位要高于汉军八旗，而且清廷和蒙古的关糸也明显要亲近一些，但在清廷入关之后的征战中，蒙古八旗出战的时候并不多，在另一时空里，最著名的蒙古族清将还是二百多年以后的僧格林沁。
而原因就在于蒙古族的人口并不多，在清廷入关之前，满蒙汉八旗制度己经完善了，满洲八旗共三百零九个牛录；汉军八旗共一百五十七个牛录；而蒙古八旗只有一百一十七个牛录；是最少的一个。另外蒙古内部，也不是铁板一块，不满清廷统制的势力，也大有人在，经常叛乱，因此清廷一般也很少抽调蒙古旗丁出战。
虽然现在扩军己是在所难免的，但多尔衮的目光，主要还是放在满汉八旗，但清廷主要还是以满州八旗为基础，要扩军首先是要把满州八旗恢复建制。
但满族目前的总人口数还不到二百万，而且二次南征，损失己有近十万，都是旗內青壮年男子，现在旗内所剩的适龄男子，己不足三十万，而且素质也远远不如当初。因此多尔衮只能下令，满州八旗内所有十五岁以上，四十五以下的男子，全都要参加测试，合格者即可以升为旗军，然后参加军事训练，另外八旗内的包衣、跟役也都可以参加测试，合格者可以免除包衣身份，升为正式旗丁。而测试成绩优秀的，可以被选入三大营，身份比旗兵更高一级。
这样一来，也扩大了八旗兵力的来源，同时也基本断绝了随军的包衣、跟役，使八旗兵变成纯粹的国家军队，而不再是部落散兵。
同时清廷的营军编制也正式完成，分为护军营、前锋营、骁骑营三个大营。另外还设亲军营，步军营，键锐营，虎枪营、善扑营五个小营。各营均设统领、参领、校卫、士兵四级，兵源主要是以满八旗为主，并从蒙古八旗中抽调少量精锐组成。总计满圆的兵额约在十八万左右。这差不多是目前八旗可以编出的最大兵力了。
当然到了这个时侯，蒙古八旗也必须派上用场，因此多尔衮也决定，将蒙古八旗扩充到一百八十七个牛录，使蒙古八旗的兵力达到五万左右，加上蒙古其他各盟旗，使蒙古总兵力达到八万左右，也极大的扩充了清廷的兵力来源。
而在汉军的编制，多尔衮也决定，除了汉军八旗恢复建制，并扩充到二百零八个牛录，使汉军旗总兵力超过六万。同时将非八旗的汉军，从中选出精锐，统统编成绿营，并且扩大绿营的兵力，使绿营的总兵力，达到三十万左右。也成为扩编最大的清廷编制。
绿营的兵制分标﹑协﹑营﹑汛四种﹐总督﹑巡抚﹑提督﹑总兵所属的绿营只称为标﹐副将所属称为协﹐参将﹑游击﹑都司﹑守备所属称营﹐营以下又分为若干汛。每汛设千总﹑把总等官职。每标﹑协管辖一至五个营不等；每营的人数少则二三百人﹐多则六七百人。
绿营补充的兵力来源，首选是关外的辽东汉人，正好现在辽东遭到商家军的破坏，造成了大批无家可归的难民，也为清廷扩制绿营，提供了足够的兵源。其选山西、北直隶、河北一带的北方汉族人。
因为在南征的后期，和湖北战役中，清军都出现了大规模向商毅投降的情况，这也让多尔衮对明朝的降兵降将，由其是南方的降众非常不放心。而相对来说，北方的汉族人要比南方的可靠一些。而且现在商毅的势力己经扩大到中原复地，因此河南、山东、陕西这三个省的汉人都不考虑。同时一但被选入绿营之后，家属全部都接刦北京地区来安居，这样也有利于对这士兵的管理。
最后才是各省的地方驻军，约有二三十万左右，其本都是绿营选拔淘汱下来的士兵，以及各地当地的乡兵、民兵等，只是做驻守地方，维护治安所用，在正式战场上，只是当作辅足兵力。
这样一来，清廷的总兵力将达到八十到九十万左右，几近百万，其主力兵力将达到六十万，分别为满蒙汉八旗军三十万，绿营军三十万。从人数上说，是足够了。
军队的建制就这样制定下来，多尔衮又下令各八旗、营制部队，都要开始进行严格的训练，同时从满旗各旗抽调出一千五百人，蒙汉各旗各抽一千人，八旗各营抽出二万人，绿营抽出一万五千人，加上洪承畴招筹的八千士兵总计兵力为七万一千人，开始进行以使用火器为主的新式训练。这也是清廷未来的希望所右。
当然各营都有各营的统军将领，而且也不是驻扎在一起，洪承畴和他招降的商家军只是担任教官，分派到各地去付责督促各营旗部队的训练，而直属于洪承畴管辖的部队，还是只有先前的八千人。毕竟多尔衮是不可能把这么一支重要的军队，全部教给洪承畴一个人来管理。
同时多尔衮又下令，在北京正式成立神机司和火药司两个部门，并清廷各地征集铁匠、木匠，火药工匠，并种各地收集铁矿石，全力制造火炮、火铳等武器，配制火药，保证新军训练使用的供应。
而商家军突袭辽东，也给清廷敲响了一下警钟，以后来自海上的危胁，也不能不防，因此多尔衮又决定，除了在沿海要加强守备之外，还要建立一支大清的水军，于是又在辽东沿海的地区招募水手，建造船只。
不过在建立水军方面，清廷可以说是一点经验也没有，因此多尔衮也十分头疼，好在是现在在北京软禁的郑芝龙是这方面的专材，于是多尔衮也下令，封郑芝龙为津门水师提督，付责造船，练水军事务。不过郑芝龙是被清廷连蒙带骗加要挟，其实是给挟持到北京来，清廷也不敢对他完全信任，名议上是水师提督，实际上也就是一个顾问，什么实权都没有，而且走到那里都有人监视着。
郑芝龙心里也明白，因此也只好继续隐忍，等待时机。但清廷的水军就在磕磕绊绊中，开始组建起来。
在练兵的同时，多尔衮到也没有忘了恢复农业生产，因为清廷的财政己经到了快来崩溃的边缘，而且打仗本来就是国力的比拼，没有足够的粮食，清廷也无法与商毅斗下去。
洪承畴虽然是屯田大使，但实际的任务是练兵，因此需要重新选一个人来全面付责全国的屯田事务。多尔衮迭择的是范文程。
通过这次复出的风波之后，多尔衮也重新认识到范文程的价值，老臣就是臣，至少在治国理政方面，整个大清还没有人能和范文程相比，就连洪承畴也是逊色一筹，特别是在现在的局势下，更要充份发挥范文程的作用。因此多尔衮也下令，由范文程全面付责全国的屯田事务，除兵部外，其他吏、户、礼、刑、工五部，都必须全力配合，不得掣肘。
而范文程在沉寂了数年之后，也又一次取得了当权者的信任，走上淸廷政治的前台。