文官系统确定下来之后，接着就是军队糸统。而首先改变的，是军队的名称。
由于以前商毅只是一方的割据势力，为了增加军队的归属感，保障自已对军队的绝对控制力，因此才叫做商家军。但现在商毅己经正式称王，并且己经形成一个独立的政权机构，说是国家，也不为过，如果还叫商家军，仍然脫离不了军阀的味道。
商毅决定将军队正式分为陆军部和海军部两个编制，统一称为中华军，而陆军也称为中华虎贲军，海军则称为中华伏波军。
这二个名称也得到众人的一致赞同，因为中华是中国、华夏的合称，自古可以代表中国以及汉族。因此取“中华”两字，就意味南京政府的目标是夺取天下，并非偏安一隅。也能体现商毅己经实质是一个一方君主的事实。
虎贲在中国古代，是是守卫王宫、护卫君主的专职军人，也可以指军中的勇士、猛将。而伏波的本意就有降伏波涛的意思，伏波将军则是古代对将军个人勇武能力的一种封号，用这两个词分别称呼陆军和海军，不仅十分贴功，而且也可以充份说明出中华军强悍无敌的一面。
军队的名称确实之后，商毅也正式下令，将中华虎贲军按照湖北军区的模式，在全军內部设立军区，做为中华虎贲军的最高军队组织，在目前的势力范围中，成立山东、中原、江西、湖广、南京五大军区。各军区的最官员为军区司令员，司令部中可设副司令员一到两名，参谋长一到两名，副官六到八名，警卫队一到两个连。
各军区下设军编制，每个军的额定编制将分两个师、两个师、一个旅或一个师、两个旅三种，各军过去的番号依然保留在各军区中，其余将加设新的番号。另外每个军区都要编制一个骑兵师、旅和特种师、旅。
各军区的设制是：
山东军区司令部设在青州，由原来的第四、五军组成，司令员周少恒，副司令员童大勇、、蒋义渠；参谋长唐镇、鲍铜钢。下设四个军：总兵力十万七千人。
第四军：军长滕胤玉，辖第二师、第十一师、第二旅。
第五军：军长乔克裕，辖第八师，第十师、第七旅。
第九军：军长冯进，辖第十四师，特种兵旅、第四旅。
第十军：军长章一平，辖骑兵师、第十二旅、第二十七旅。
山东是商毅最初起家的地方，在占领浙江之后，一直都没有放弃，到现在己经逐步发展成总兵力超过十万的大部队，由其是山东军区的主将周少桓，不仅能够领军，而且在內政方面也做得同样出色，山东军区己经形成一个初步能够自己自足的地区，而且尽管过去山东军区一直相对独立存在于商家军的系统内，但军区几名首领对商毅仍然保持着相当高的忠诚度，对商毅一直敬服不己，在山东地区也处处模枋商毅的行事作风，因此也赢得了一个“小督师”的外号。
虽然在清军南征时，山东军区并没有打什么大仗，尽管一直主要担任的牵制、吸引清军力的作用，但对商毅的命令执行却十分坚决，从来沒有报怨挑剔过。这也和周少桓的耐心劝说、解释分不开。而且在商家军跨海突袭辽东的时候，山东军区是担突袭舰队的桥头堡和大后方的双重作用，并且也派遣兵力参与了这次突袭任务，也可以说，如果沒有山东军区的协助和配合，这次突袭作战也无法取得成功的。
随着现在南京政府的势力己经扩大到了中原地区，而且和山东战区也重新打通了陆地的联络，在未来对清军的作战中，山东军区仍然是一支不可缺少的力量。
淮南军区，司令部设在凤阳，由原来的第一军组成，司令员成进，副司令员赵英杰；参谋长尤洪亮。下设四个军：总兵力九万八千人。
第一军：军长苏建林，辖第一师、第五师、第二十九旅。
第十一军：军长程培经，辖第七师，第二十师。
第十五军：军长程培经，辖第二十四师，特种兵旅、第一旅。
第十八军：军长黄绳武，辖骑兵师、第五旅、第十九旅。
在两次清军南侵的战役中，淮南军区都是担任着主力部队，打了不少的大仗硬仗，也立下了不少功劳，司令员成进，己经成长为一各出色的指挥者，可以算是商毅手下的头号猛将，在下一步对清廷的作战中，淮南军区仍然是中华军的绝对主力。
江西军区，司令部设在赣州，由原来的第二军组成，司令员罗远斌，副司令员王信；参谋长刘伯涛。下设三个军：总兵力七万二千人。
第二军：军长吴礼林，辖第三师、第三旅、第八旅；
第十二军：军长刘远报，辖第四师、骑兵师；
第十六军：军长郑广明，辖第六师第九旅、特种兵旅
江西军区的实际范围并不仅仅只是江西一省，南京政府的南部地区，使南京政府在与清军作战时，沒有后顾之忧。而如果平定了北方之后，江西军区也将成为进攻南方的先头部队。
湖广军区，是由湖北军区加上驻守湖南的第三军合并而成，司令员李定国，副司令员杨武丞；参谋长李牟。下设四个军：总兵力十一万二千人。
第六军：军长李汉军、辖第九师、第十八师、第十六旅；
第八军：军长黄庆文，辖第十师、第十五师、二十二旅；
第十三军：军长黄向东，辖骑兵师、十九师，二十八旅；
第十七军：军长李元胤，辖特种师、第六旅、第十七旅，
在新的军区编制中，湖广军区的兵力最多，这是因为湖广军区同时于清廷、吴三桂、永历朝三方接壤，因此面临的局面也最复杂，不过经历了独守黄州的历练之后，李定国也显示出了自己的名将潜质，因此商毅也十分放心的将湖北地区防守任务交给他。
南京军区也是五个军区中最小的一个，是由从过去的湖北军区中，分离出的第七军为主组成，司令部就设在南京，主要的任务就是保卫南京、杭州两地。司令员段鹏，副司令员何冲；参谋长张达江。总兵力为五万人。下设二个军：
第七军：军长田楚，辖特种师、三旅、二十一旅；
第十七军：军长张立东，辖二十五师、骑兵旅、三十三旅；
这样五个军区总计下来，中华虎贲军的总兵力为四十五万左右。而商毅计划，在扩充二到三个军，使总兵力超过五十万，另外再扩充十到十五的后备年，那么以后对清廷和南方作战，也就基本足够了。
而海军的编制就相对简单一些，中华伏波军的司令部设在杭州，另外在山东登州、苏州南通和台湾基隆也都设有海军基地。司令员成钢、副司令员黄震、以下仍是五个海军分舰队，一个西班牙雇佣兵舰队，和三个长江分舰队。
目前海军部共计拥有各种舰船三百零七艘，主力战舰有一百七十七艘，分别为一级战列舰一艘，二级战列舰六艘，三级巡洋舰四十七艘，四级称为驱逐舰七十八艘，五级护卫舰五十五艘；辅助战舰一百一十二艘，其中包括有五艘二千料的大型战舰；另外还有飞剪船十八艘。
海军部的总兵力为五万七千人，其中包括基地后勤人员有一万四千，海军战斗人员有二万八千、水手、技术人负一万五千。
不过各舰队的最高长官将称为分舰队司令员。如果海军有出战任务，由多个舰队联合组成作战部队，将临时任命以联合舰队司令官，指挥作战。
由于跨海突袭作战取得完美的成功，因此人们的观念也在逐渐转变过来，这才完全理解商毅当初坚持要大力发展海军是多么有先见之明，对海军的作用也日益和重祀起来。
以目前海军部的规模来说，保护现在的中国沿海，以及威助震慑清廷的沿海、周边的日本、琉球、仍致菲律宾地区也是基本足够了，但想将南京政府的海上势力扩展到更远的巴达维亚、澳州、甚致是印度地区，就显得有些不足了。毕竟中国的海岸线太长了，保护起来也需要庞大的兵力和舰队。
而且商毅也知道，清廷也己经开始建造战船，发展海军，虽然说清廷的海上基础十分薄弱，不仅缺少相关的技术人员，就是船员、水手也严重不足，加上海上观念更为落后，因此建立一支强大的海军，决不是二三年就能完成的事情，但也不能不防，毕竟清廷有了海军之后，也有可能从海上向南京发动偷袭。
好在是收复了南京之后，江南造船厂对开始重新生产大型战船，因此商毅也决定，在明年把海军部编制出第六支分舰队来，使主力战舰的数量达到二百艘以上，并且寻找机会，开始向南方海洋扩展势力。