查孔毕竟是职业军人出身，虽然报仇心切，但也没有丧失理智，南京商馆在巴石河北岸，而马尼拉城在巴石河南岸，而且生理人的军队也并不是向之前想像的那样不堪一击，因此这场战斗也许会持续好几天时间，也必要在巴石河北岸设立一个临时的指挥部，来指挥战斗，还要存放军需物资，由其是火药，菲律宾的天气指不定什么时候下雨，一定要好好保存。
在巴石河以北，比农多西侧，有一座名叫德尔×蒙塔的修道院，是奥古斯丁会所属的一所修道院，离南京商馆大约有十余公里左右的路程，正符合查孔的要求。而大主教也没有意见，为了消灭异教徒，修道院当然可以供给军队驻扎。另外总督大人和大主教也都需要一个舒适的休息地方。
等大军到达修道院之后, 查孔和弗朗西斯科发现, 在修道院里，居然有二百多名华人难民在这里避难，查孔本来就憋着一肚火，一见这些华人自然不会放过，立刻下令，将所有的华人全部都抓起来，立刻执行枪决。而弗朗西斯科则严厉的将修道院的付责人马丁内斯修士狠狠斥责了一顿，说他包庇异教徒，违背主的意愿，并命令教会的执法人员将马丁内斯抓起来，等战事结束之后，交给奥古斯丁大教堂的宗教审判所审判。
尽管华人们一再苦苦挨求，而且不少人都拿出了佩带的十字架，声明自己是虔诚的天主教徒，但总督和大主教都不为所动，依就将修道院里二百二十七名华人全部杀害。而且大主教还义正词严的对华人表示，他们死了以后，灵魂可以得到升华，下辈子就将成为一个真正的天主教徒了。
解决了修道院里的事情之后，查孔也觉得气出了一点，因此这才下令，命待从兵在修道院驻守，并且付责运送物资，自己和大主教带领着大军，向南京商馆发动进攻。
人马大约走了半个多小时，来到了南京商馆的正北面。
其实马尼拉城里的大军一出来，就被瞭望塔上的士兵发现，只是没想到西班牙军绕了很大一个圈，才杀到商馆这边来。不过这时中华军士兵也做好了充份的准备。由两个连防守正北面，东西两面各设了一个连防守，各种武器也都架在院墙上。
本来刚到商馆的时侯，中华军就沿着院墙外侧挖了一道战壕，但沒想到这一场大雨，战壕里都集满了雨水，根本就不能再使用，不过到是可以当防城河使，这一番努力到也没有白废。同时也对围墙加强了保护，在围墙的内外围，都用泥砂袋堆原了三尺多的一圈，现在整个围墙的厚度己经超也了两米，就是用重型火炮来轰击，也能够坚持一阵子。
查孔看了看商馆的防守布置，立刻命令阿诺基三世，让他下令邦班牙土著兵，率先向商馆发动进攻，当然也是为了试探一下中华军的防守力度。当然他也不忘给阿诺基三世作出承诺，攻下商馆之后，商馆里的财物将分一半给邦班牙部落。
尽管南京商馆在马尼拉设立了还不到一年时间，但创造出的财畗去十分惊人，阿诺基三世当然知道，在商馆里面堆积的可全是好货，如果能分到一半商馆财物，可是一笔极大的收入，不禁可以购买大量的奢华物品，同时还能向西班牙人购买一批火枪。
因为得到西班牙人的支助, 阿诺基三世购买到二百支火枪, 组建了一支火枪队, 作为自己的亲卫队,虽然西班牙人卖给他的, 都是老式淘汰的火绳枪, 但在土著的战斗中却是很有杀伤力的武器, 如果能扩大亲卫队的规模, 以后在对他加禄人、伊洛戈人的战争中, 也将大占优势, 甚致有可能将他加禄人和伊洛戈人都并入邦班牙部落里来, 真正实行吕宋岛的土著大统一。
因此阿诺基三世立刻下令，命令五百名邦班牙士兵，向商馆发动进攻。
但就在邦班牙兵冲到离商馆一百米以内的时候，枪声响起，不少的邦班牙士兵都被打倒在地，而阿诺基三世在阵后亲自拔刀督战，催促着士兵继续向前推进。
等邦班牙兵前进到距离商馆只有五六十米的时候，大约还有四百多人，但这时枪声猛然密集起来，孑弹如同冰雹雨点一样，向邦班牙士兵拔洒了过去，从先前猛烈了一倍不止，而邦班牙士兵伤亡的人数也大大増加，被压制在距离商馆约五十米左右的地方，几乎一步都前进不了，尸体也密集得堆倒在这里，形成了一条生死线。
中华军的打击倏然加强，也让查孔大为震惊，以他的经验来判断，这致少需要千人左右的兵力，排成四段或五段连射的阵形，才能够形成这么猛烈的火力，生理人的军队会有这么多人吗？或者说生理人一直都在隐藏着自己的实力呢？
其实商馆里的守军横竖也就八百多人，而且守卫北面的只有两个连，四百多人，但却装配兵工厂生产出来的最新连发枪，包括六管、九管、十二转轮单管连发枪各十架，单管斗方填弹连发枪二十五架，多管填弹连发枪五架，共计有六十架连发枪，分成两批，轮流向敌军开火。
因为连发枪的射程比燧发枪要近，因此只能在敌军靠近到五六十米的地方，才能开火射击，但三十架连发枪一起开火，威力也十分惊人，在这样猛烈的火力打击面前，邦班牙士兵的进攻速度被瓦解，马上就退了下来，但进攻之前的五百名士兵，这时只剩下二百多人。
这下不用说是查孔和阿诺基三世，就连大主教弗郎西斯科也有些傻了眼，虽然大主教不懂军事，但刚才战斗的结果还是看得出来，中华军的防守火力确实太猛烈了。
等西班牙军的进攻退下了之后，中华军也停止了射击，因为中华军过去用过管风琴枪，对这样的火力并不觉得有什么意外，不也也都对现在使用的这几款新型的连射枪赞不绝口，其实这几款新型的连射枪在发射速度上，未必赶得上过去惯用的管风琴枪，但好处就在于可以随着停止射击，不像管风琴枪，一但开始，必须将所有子弹全都打光，另外都可以通过更换弹仓，保证连续发射，不过在刚才的战斗中, 这个优势并没有体现出来，除了六管、九管转轮单管连发枪更换了一个弹仓之外，其他的连发枪都没有换弹仓，就己经将西班牙军的这一次进攻给打退了。
这时在西班牙军又开始发动第二次进攻，这一次阿诺基三世出动了六百名邦班牙士兵，其中包括有一百名弓箭手和二百名刀盾手，希望能够利用盾牌来阻挡中华军的子弹。西班牙军也出动三百名西班牙士兵，和三百名土著兵，总计兵力达到了一千二百人，查孔的打算是依靠土著兵来牵制住中华军的火力，让西班牙士兵以四排连射的形式，逐步向前推进，并且利用西班牙士兵的火力支援，为土著兵提供靠近商馆边的机会。
而且在出战之前，大主教还对士兵们作了一番鼓动，号招全军为了消灭异教徒，保卫天主教的信仰而战。激励全军的士气。不得不说信仰的力量确实非常可怕，菲律宾的土著绝大倍份都是来自马来半岛和加里曼丹岛的马来族移民，不仅没有什么文化底蕴，而且在西班牙人来到菲律宾之前，土著基本没有什么真正的宗教信仰，只有一些原始的神灵崇拜，而天主教是土著们第一次接触到一全套系统的宗教，因此一下就把土著们全都给唬住了，结果有不少土著对天主教的信仰比西班牙人还要虔诚。
由其是现在参战的土著，都是被洗脑最彻底的，因此被大主教这么一番忽悠，西班牙士兵对这一套都听得耳朵起茧了，到还没怎么样，但土著们都一个个热血沸腾，仿佛自己真的成了捍卫天主教的英雄，恨不能马上就投入战斗中，去实现为主而战。
因为在战斗再度打响之后，这一次西班牙军的攻势比第一次进攻要猛烈得多，中路的三百名西班牙士兵排成四排，依次向前推进射击，和守在商馆墙头的中华军展开对射，而土著兵拼命从西班牙军的两侧向商馆发动猛攻。西班牙士兵的推速度虽然较慢，但也确实牵制住中华军相当一部精力，因此土著兵各举着刀枪盾牌，很快就进入到连射枪的射程之内。
三十支各种型号的连射枪一起开火射击，土著兵的伤亡立刻大增，几乎都是成排成片的倒下，不过土著兵早就被宗教的狂热情绪渲染得损失了理智，根本就不计生死，拼命向前进攻。单论这种不畏死的劲头，就是清兵也不比不上。因此也一步一步逼近了商馆的院墙。
但宗教情绪再狂热，信仰再坚艰，血肉之躯始终也是无法与近代的火器相抗衡，而且除了及少数将领之外，吕宋的土著兵几乎没有任何盔甲，全部都是穿着布衣作战，使用的盾也是纯木制，对枪弹的防御，几乎是微忽其微，冲得离院墙越近，就死得更多，更快。不一会儿，战场上就躺倒了数百俱土著的尸体。