弗朗西斯科的行踪其实是被他自己主动透露出来的。
马尼拉城破之后，弗朗西斯科在阿诺基三世的保护下，逃到了邦班牙族的居地，然后和阿诺基三世联名，传信到吕宋岛各地去，招号散布在吕宋岛的传教士一起发动圣战，维护天主教的光荣，让他们鼓动信仰天主教的土著们，共同抵抗中华军的的侵略。
但奥古斯丁会的传教士基本在马尼拉城里被中华军一网打尽，逃出去的人不多，在吕宋岛其他地区的传教士甚本都是方济各会或多明我会的传教士，对大主教的命令，并沒有奧古斯丁会那样奉若神明，另外也有不少传教士都十分清醒，连马尼拉城都被中华军占领了，西班牙军也全军覆没，靠当地的土著又能成什么事，抵抗只能是自取灭亡，还不如不抵抗，和中华军的几名传教士联糸，看看能不能有别的办法。因此响应大主教号招的人并不多
而就在这时，耶稣会的传教士也开始在吕宋岛活动，向各个土著部落，以及在部落里的传教士说明，与中华军作对只是死路一条，投降才能获得生路。中华军可以保证对土著部落不予追究，而其他的传教士只会被驱逐出吕宋群岛地区，也不会伤亡他们。但如果执意要和中华军做对，等待他们的只是死路一条，甚致是灭族之祸。
这么一来支持大主教的人就更少了，有些本来己经决定支持大主教的部落，也立刻打了退堂鼓。结果只气得弗朗西斯科整天跺足捶胸，大骂其他的修会己经倒向了异教徒，不在忠诚于天主。
其实弗朗西斯科和阿诺基三世并不是笨蛋，当然也知道和中华军对抗是死路一条。但他们更清楚，其他人投降或许都有活路，唯有自己就是投降也是死。
因为这次马尼拉大屠杀事件中，弗朗西斯科是主要的策划者之一，早就上了中华军的黑名单。而阿诺基三世虽然没有出面，但邦班牙族也出力不可，受西班牙殖民者直接指挥的土著兵几乎全部来自邦班牙族，加上以前邦班牙族一直都是西班牙殖民者打压华人的主力帮凶，因此是怎么样也好不了，还不如拼死一战。
果然就在几天之后，中华军的第二批船队抵达了马尼拉，又带来了一个步兵团，这次出征马尼拉的南京军区第七军第三旅也在马尼拉聚齐。商毅也下令，以三旅为核心，辅以一千海盗和一千民兵，总计兵力九千余人，进剿邦班牙部。
这个时候邦班牙部一共才三四万人，虽然阿诺基三世将部族里拿得起兵器的男子包括壮年女人全部都招集了起来，拼凑出两万多人，但在中华军凶猛的火力面前，人数上的优势几乎没有任何作用，战斗连续进行了三天，邦班牙部的阵亡人数达到一万五千余人，终于全军溃败了而邦班牙部的营地也被中华军占领，不过这时在邦班牙部里，剩下的只是一些小孩和老人。
而弗朗西斯科和阿诺基三世到是有足够经验，在战场上见势不妙，立刻率先逃跑了，这次他们逃到了中科迪勒拉山南部的一个他加禄部落，去寻求保护。可惜到了这个时候还有谁敢收留他们，部落酋长正愁沒机会向中华军投降，这可是天上掉馅饼下来，立刻抓住他们两人，送到马尼拉城里。
抓住了大主教和阿诺基三世，也宣告中华军征剿邦班牙部落以全胜结束。商毅也立刻组织了一个调查团，对抓获的传教士、土著进行调查，他们在这次大屠杀中的行为，而对西班牙士兵则不问调查，全部处以死刑。
同时商毅也正式宣布将吕宋地区并入自己的版图中，称吕宋海外行省，直接受南京內阁管理。设立行政总督，管理省内行政事务，在行政总督以下，按南京政府的模式，设置其他各部门，管理事务。而在省下设市县乡，实行分级管理。
不过在目前阶段，吕宋的各级行政机构不可能一下子就会部建立起来，还要逐步完善，因此商毅也不打算向吕宋省派遣官员，现在全部官员都从当地的华人中间选出，实行当地人自治。而吕宋行省的第一任行政总督，由商毅指定张庚秋担任。
张庚秋在马尼拉的华人当中就有比较高的声望，马尼拉战争结束之后，又得到进一步提升，由他出行政总督，也是名致所归，而总督府以下的官员，也由张庚秋付责提名。
接着商毅又正式任命李华梅为中华军驻吕宋军区司令员，兼任吕宋舰队司令员，军街为少将。吕宋军区直接归属于南京军区管辖，属于小军区一类，行政级别相当于一个军，而吕宋舰队则归属于海军部，与五大分舰队同级。在马尼拉地区缴获的西班牙战船，全部都划吕宋舰队，这一来吕宋舰队的战船数量达到了二十七艘，按海军的战船划分，拥有三级巡洋舰二艘，四级驱逐舰十一艘，五级护卫舰七艘。辅助战船七艘。
不过舰队的人员缺额超过了一半，还要慢慢补充，因此商毅也决定，原来的船员水手只要经过调查，没有参与这次大屠杀的，也全部留用，归为吕宋舰队的成员。
这样一来，吕宋地区的军、政两方面框架都己经正式建立起来，也标志着南京政府对吕宋的统治己经进入一个实质性阶段，只需要一步一步的完善起来。
而这时西班牙人己经彻底被中华军打败，一个强大的当地土著也几乎被灭了族，现在整个吕宋群岛地区都是中华军的天下，而在这种强大的武力面前,还有谁敢和中华军作对，因此吕宋岛的其他各部落土著，以及其他教会的传教士们，还有吕宋岛以外，其他各海岛上土著部落的酋长头人，在耶稣会的传教士的劝说下，也都纷纷来到马尼拉城，向中华军表示臣服。
等众人差不多聚齐之后，商毅首先下令举行审判大会，将在这次大屠杀中犯罪的人员进行公开处理，被处以死刑达到一千五百六十六人，包括总督查孔在內的所有西班牙士兵，大主教弗朗西斯科等三十二名传教士，以及阿诺基三世为代表的一批土著。当场执行枪决。参加审判大会的土著酋长头人们也都吓得心惊肉跳。而其他在马尼拉城里居住的西班牙人、待从，以及归附西班牙殖民者的土著，则都处以五到十年的苦役。
随后商毅才招集众土著酋长头人们，先严厉的将他们训诉一顿, 指责他们附庸西班牙殖民者, 欺压华人的行为。这一点到并不冤枉这些土著，虽然他们并没有像邦班牙部那样，直接充当西班牙殖民者的帮凶，但占华人一点小便易的事情，多少也都做过一些。只是有了大坏人，也就显不出小坏人来。但现在世道变了，大坏人己经被打倒，不少酋长都在想，是不是该清算小坏人了。有不少人都吓得哆嗦起来。
不过商毅把话锋一转，表示自己宽宏大量，对他们过去的行为都不予追究，但要求他们以后绝对服从中华军的命令，否则邦班牙部的下场就是最好的例子。
众酋长头人们听了，也都松了一口气，立刻纷纷表示，一定服从中华军的命令。而商毅也立刻趁热打铁，要救各部落都要抽调一部份青年土著，年龄在十六岁以上，二十五岁以下，男女各半，脱离本部落，做为吕宋总督府的直属土著。因为现在马尼拉的华人只有两万五六千余众，想要进一步开发吕宋，需要大需劳动力，这点人力当然不够，而在短时间内，对吕宋进行大规模移民也是不现实的，因此只能从当地土著中挖掘潜力。
尽管各酋长头人们心里都不愿意，因为十六岁以上，二十五岁以下的男女也都是各部落的主要劳动力，谁都舍不得。但血淋淋的事实就摆在眼前，谁还敢说个不字，因此也只好同意了。结果总督府一下就得到了三万多名年轻的男女，致少在近三五年之内，劳动力还是够用了。
而最后商毅又宣布，将邦班牙部遗留下来的全部人口都分配给各部落。邦班牙部的青壮年几乎全部战死，现在还有两万余人，基本都是老弱妇幼，其中少年儿童约有一万三四千人。
如何处理这一批人，也让商毅有点为难。全部杀了有些太过份，商毅并不喜欢搞种族大屠杀，但留着也是一个隐患，毕竟这个仇口不小，这批孩子长大了，肯定不会对华人有善意，还会种下动乱的祸根，因此商毅决定把这批人分散到其他各部中去，由其是分散到各海岛部落中去，使他们完全分散，而且到了其他部落，这批人的地位也是最低下的，也就翻不起多大浪来。
而其他各部虽然都被抽调出一部份的青年劳力，但也得到了一定的邦班牙部人口，虽然都是老弱妇幼，也算是有所补偿，特别这这批少年儿童，几年之后也都能成长为新的劳动力，因此心里也都觉得好过一些，同时也觉得中华军还是比西班牙人强一些，西班牙人才不管那个，一定会把他们全都杀了。