随后周少桓立刻下令,留下第五军,守卫兖州府,并且继续出兵,收取兖州府的其地区，自已和童大勇带领着第九军、第十军，从兖州北上，向济南发动进攻。同时也下令驻守高范、淄川一线的的第四军，也从东北方向，进攻济南，对济南府形成两面夹击之势。
在兖州战役之后，山东清军的主力基本被中华军歼灭大半，根据推算，现在清军在济南的兵力应该只有两万左右，因此全军上下都对攻取济南充满了信心。而且现在阿巴泰、岳乐、李率泰都己成为中华军的俘虏，只剩下在济南驻守的博洛，如果攻克济南，在抓住博洛，那么就再好也不过了。
周少桓和童大勇带领着中华军一路北上,经过泰安、又穿过泰山，直奔济南府而来。但大军走到方山的时侯，收到第四军发来的捷报，原来清军不战自退，主动让出了济南，第四军己经进驻了济南。
原来博洛得知兖州失守，阿巴泰和岳乐的援军全军覆没之后，也知道老爹和弟弟凶多吉少了，在济南大哭了一场。不过这时他到是还记得阿巴泰在临行之前，咛嘱自己的话，一但救援兖州失守，不要在济南固守，立刻退出山东，退守河间府，保卫北京的南面门户。因此博洛在哭罢之后，立刻招集济南的诸将,下令撤军。
其实这时济南的诸将心里都清楚，济南根本就守不住了，因此博洛下令之后，也都十分高兴，立刻开始收拾准备，撤离济南。
因为清军的行动得早，因此撤退得也比较从容，不仅把剩余的两万多人马全部撤走，而且还将济南的粮草淄重也都撤走了大半，剩余带不走的，则点了一把火，全部烧毁。
虽然驻守高苑、淄川一线的第四军闻迅，急忙出兵，赶来阻击清军，但也晚了一步，等第四军的军长滕胤玉率军赶到济南的时候，清军也己经撤走了两天，就是最后一批人马，也过了禹城县。因此滕胤玉只得率军，先进驻济南，接管城市。然后又派人向周少桓报告。
尽管让博洛给跑了，围歼山东清军的目标没有实现，但不费一枪一弹，就夺取了济南城，还是一件值得庆贺的事情。毕竟攻占济南，就意味这次山东战争取得了最完美的胜利。因此周少桓和童大勇立刻下令，火速进军，进驻济南城。并且命令第四军马上向山东的最后一块地方，东昌府发动进攻。
一天之后，周少桓和童大勇进驻济南，并且派遣人马，又收复了济南府西北面的禹城、平原，一直打到了徳川，才收住了人马。而在最后一个战场上，第四军的进军也十分顺利，因为这时清军己经全部撤出了山东省，因此在东昌府根本就没有清军抵抗中华军的进攻。第四军所到之处，所有州城府县纷纷开门纳降。
第四军于六月三日，进驻东昌府，五日进驻临清州。到这时，整个第二次山东战役也全部结束，以中华军山东军区的全面获胜而告终。
第二次山东战役，一共历时三十四天，中华军一共歼灭清军三万四千余众，俘虏清军三万六千多人，并且基本收复了山东全境，而中华军自身，也战死了五千八百三十一名士兵，另有三百七百五十二人受伤。
而且中华军全面占领山东之后，等于在清廷的中原一带地区挤进一块，向北可直接危胁北京，向西可以逼迫山西，向南可以压制河南，在战略上已经处于一个十分有利的位置。
而这时正在围攻大同的多尔衮闻迅之后，也不禁又气又急，但这时清军围攻大同己有半月之久，屡攻不下，多尔衮也无暇分身，而且陕西一线也同样是到了最关建的时刻，也不能从这几条战线抽调兵力，因此多尔哀只好急令从北京再抽调三万人万，交给博洛，一定要守住河间府，又命驻守开封的洪承畴，立刻出兵，驻守大名府，以挡住中华军西进山西。而河南有勒克徳浑的大军驻守，多尔衮还有一点放心，因此没有在这一线增派兵力。
这时清廷的兵力己经捉襟见肘，不得不釆敢拆东墙补西墙的办法，来应对眼前的局面了。随后多尔衮又下令，加紧进攻大同，同时催促陕西和甘肃两地，尽快平定当地的叛乱，现在山西、陕西、甘肃无论那一处，只要能够将叛乱平息下来，清朝也就能够缓过这一口气来了。
不过中华军在占领了山东之后，并没有急于进军，一方面是因为两次山东战後,一共进行了两个多月，中华军也阵亡了一万多名士兵，另外还有一万二千多名伤兵，部队需要一段时间来修整，另一方面，在战后还有一大堆善后的工作需要处理，有不少问题不解决，山东军区也就无法进行下一步的战斗。
是收复山东的最后告捷己经传到了南京,在没有收到商毅的下一步指令之前，周少桓也不敢轻举妄动，毕竟现在山东可以向三面用兵，因此俱体是向那一个方面出兵，周少桓还需要听从南京的命令,服从于大局考虑。另外周少桓也考虑到，便于下一步的战斗指挥和调度，希望将山东军区的司令部从青州迁移到济南来,这样无论向那一方用兵,消息传递也都会更快一些。当然司令部的迁移也是大事，必须等着南京统战部批准。
而且这时济南、东昌、兖州三府都是才刚刚收复，还需要一定的时间来稳定，并建立南京政府的行政机构。另外兖州城中进行了激烈的战斗，对城市建筑都有相当向破坏，而济南虽然没有发生战争，但清军撤退的时候，将城里的粮食几乎全都搜刮一空。这时城里己经断粮了，因此这两地都需要一定时间的恢复。现在周少桓己经下令，从青州调集一批粮食过来，缓解济南的粮荒。
还有一个十分重要的事情，就是处理山东起义军的问题，这次能够攻占山东，农民起义和原明将领的反正也起了不小的作用，没有他们的配合和牵制，中华军也未必能够这么轻易就取得胜利。
但在战事暂时告一段落之后，如果处理这些人，也是一个很大的问题，周少桓也是经历过明末的农民军大规模起义的时代。深知农民起义是一把双仞剑，即能危险清廷，也可以危害到中华军自身。
因为现在山东地区的农民起义军，反正军队加起来也有六七万之众。其中也不乏社会油子、地痞无赖、无业游民等人，绝大多数都没有经过什么正规训练，缺乏组织纪律性，也没有什么军纪和服从命令的观念，而且又以响应中华军抗清的功臣自居，尽管周少桓对这些队伍也三令五申，一再强调尊守军纪，不许搔扰百姓，但在初期欺压良善、强拿强要，抢男霸女的事情仍然时有发生。而且都是打着中华军的旗号进行。至于私藏战利品、哄抢清军遗留的物资，更是普遍。
不过在这一点上，周少桓和商毅的观点一致，对于军纪的执行，决不能姑息，因化下令各地的部队，发现一起就坚决处理一起，决不手软，无论是谁救请也没有用。一进济南，周少桓就连续处理十二起违纪的事情，处决的人数达六十余人，虽然很快就把这股风气给压制下去，但也确实引起了一些举义、反正领头者的不满情绪，虽然震摄于中华军的战斗力，不敢明名张胆的反对，但在私下里却是牢骚满腹，都说自己为中华军立了大功，现在中华军占领了山东，就要卸磨杀驴等等。
周少桓也知道，这一批人的数量虽然多，但都乌合之众，真要打起来，当然不是中华军的对手，但他爪毕竟是帮助中华军立下大功，不能这么粗暴简单的对待。以后在其他战场，中华军也都会遇到类似情况，如果这一次处理得不好，恐怕也会影响到以后。
当然对这些事情的处理，中华军也有自己的一套办法，首先遣散起义军队，愿意回事务农的人，发给他们一笔银圆，遣送回家，并且保证分给田地。起义军的主体还是农民，参加起义多半也是走投无路了，因此可以拿钱回家，分给田地，自然大多数人都愿意，于是一下就散去了七八成。
那些举义、反正领头者虽然不满意，但在中华军的兵威逼迫之下，也不敢轻举妄动，加上中华军这么一来，人心散了，队伍也不好带了，也只好认了。对这一批人，也要给予一定的安抚，愿意留下来的举义军士兵，则全部做为预备军，进行训练，通过考核，才能成为正式的中华军士兵，通不过的，可以转为当地民兵，维护地方治安。
而对领头者，也都授于一定的军衔，但想成为正式的中华军，一样要参加训练，当然也可以选择在地方上出任行政职务。这数管齐下，也就可以将举义军的隐患消除。但需要时间来一步一步解决。
六月中旬，山东军区收到南京的公文，首先对山东军区进嘉奖，也批准迁移司令部的打算，并让他们好好修整，准备接下来的战斗。而在最后，通知山东军区，大约将在一个月之后，商毅将亲自到山东，进行视查。