一行人在路途的过程中遇到了嘉年华节，立马忘记了他们还要赶路的这件事玩了起来，小霞和莎莉娜在玩的过程中，看到一个业余魔术师再挽留他最后一名员工，可惜最后员工还是走人，善良的小霞和莎莉娜她们被魔术师邀请做助手，然后表演开始了，魔术师的表演实在是无趣，大家纷纷失去兴趣，后来小霞她们也离开了，毕竟在她们眼里，被小智他们看到她们刚才的打扮实在是有些尴尬。
后来魔术师想到用椰蛋树们的催眠能力来催眠观众，来实现他的梦想，但火箭对从中作梗，让椰蛋树们暴走，还是小黄用常磐之力安抚好了椰蛋树们，才没有照成太大的动乱，不过当然，火箭队又一次被打飞了；
一行人继续旅行到达了松藻镇，遇到了开中药店的清美小姐，清美小姐希望她的派拉斯进化成派拉斯特，但这只派拉斯弱的可以，大家都对它放水放得十分明显了，可它还是被秒杀，最终害怕到逃走了，小智用波导之力找到了派拉斯，但发现派拉斯竟然和火箭队在一起，不过感受到火箭队他们并没有抓派拉斯的想法，也就没有打飞他们，而且最奇怪的是他们竟然还给派拉斯加油！最终成功进化成了派拉斯特，然后一行人又继续旅行；
一行人来到了霓虹镇，这镇上的人因为长时间睡眠不足，所有人的脾气都很暴躁易怒，然后大家在这里呆了一夜后离开，意外发现一只不会唱歌的胖丁。
然后莎莉娜将它收服，并且在大家的帮助下它终于能唱歌了。
最终，一行人来到了发现有化石存在的大傻谷。
不过看到这么多人大家也感到很疑惑，虽然大傻谷以风景优美著称，但来的人未免也太多了吧？而且还带着铁锹和铲子。
“呦！莎莉娜！小霞！小黄！小刚！小智！。”穿得像西部牛仔的小蓝看到他们也出现在大傻谷于是跟他们打招呼说。
“诶诶诶！小蓝！你和小茂也是来挖化石的吗？”小智问道。
“当然了，不过你们好像没有什么准备呀。”小茂穿着同样一身牛仔服说。
“感情一如既往的好呢，二位。”小智打趣说。
“谁跟着混蛋感情好啊！”×2
“那么这里果然有宝可梦化石吗？”小刚问道
“嗯，因为这里有发现宝可梦化石，于是就掀起了化石潮，很多人都来这里挖化石了。”小蓝解释说。
“可是这么做会不会打扰到那些已经灭绝的古代神奇宝贝？”小刚。
“嗯嗯，所以不要挖的好。”小黄。
“那个，我是没什么意见的啦。”莎莉娜
“总之去挖化石吧！”最终小智一锤定音决定。
然后几人就分开了，小智和莎莉娜在挖化石的时候遇到了火箭队三人组。
原来火箭队他们想用炸弹把这里炸平，然后得到化石，小智他们想要阻止，但可惜引芯已经被点招，好在引芯长的过分，还有时间阻止，但因为火箭对他们的妨碍，小智他们几个全部变成滚地葫芦。
最终，从滚地葫芦里好不容易挣扎出来的皮卡丘看到引芯就要烧尽，情急之下，都忘记它们不会水系技能，结果一个十万伏特然后
在场所有的人家神奇宝贝都灰白了
然后炸弹炸了。
爆炸产生了巨大的裂缝，大家都掉了下去，然后出口被碎石堆掩盖。
小智赶紧放出喷火龙保护了莎莉娜！落地后，他们发现他们处在一个地下洞窟中。
这里应该是大傻谷的地下洞窟，刚才的爆炸在上面开了一个大洞，我们大概就是从那上面掉下来的喵。”喵喵说道。
“你说什么？小鬼头，这都是你们害的。”武藏听了喵喵的话很气愤的对小智说道。
“对，就是因为你们来妨碍我们，事情才会变成这个样子的。”小次郎也生气的对小智喊道。
“什么怪我们？归根究底，就是因为你们不应该安放炸弹。”小智也毫不客气对火箭队说道。
“好了，现在还是想想这怎么出去比较好吧。”莎莉娜终止了他们的争吵。
(皮卡)别看了就突然叫了一声，吸引了注意力，然后他们看见了，许多化石宝可梦。
“这些宝可梦们是……菊石兽、多刺菊石兽、化石盔和镰刀盔，是几万年前的宝可梦！据说都已经被定为已灭绝的化石宝可梦了，没想到这里居然会有活着的。”小智看到它们，有些惊讶地说道。
“灭绝的化石宝可梦？太棒了，我们将要成为幸存的古代宝可梦发现者了。”火箭队他们听到小智的话后非常的高兴，甚至已经开始幻想以后美好的生活了。
“可是，它们好像不太友好，它们的眼中都充满了血丝，难道是因为我们才把他们吵醒的？”莎莉娜有些害怕。
“没关系呢，莎莉娜你不是收服胖丁吗？把它放出来就好了。”小智说道
莎莉娜放出了胖丁，然后胖丁唱起了歌声。不过因为有特制的耳塞，所以小智和莎莉娜没有受到影响，然后化石宝可梦和三人组全部睡着。
小智毫不犹豫丢出一个精灵球，收服了其中的镰刀盔，其中就只有它是小智看中的，索性就收服了。
就在他们想离开的时候，化石翼龙突然出现，还抓住了莎莉娜。
然后化石翼龙说：“吼”（这小姑娘看上去蛮好吃了，就作为搅扰我美梦的补偿吧！）
“住手啊！”
“喷火龙快去救莎莉娜。”小智下令道。
最后喷火龙！用龙尾将它抽飞，成功救下莎莉娜。
“莎莉娜，你不要紧吧？”小智刚想了解下莎莉娜的情况。
莎莉娜一把抱住小智，大哭说：“呜哇哇吓死我了！呜哇哇哇哇”
刚才的情况对于一名女孩来说实在是太可怕了，化石翼龙的那张满是锯齿的血盆大嘴离她的脸可是只有不到1厘米，她还闻到了它那满嘴的恶臭，要不是因为太过恐惧而导致身体麻木，只怕早就吓晕了。
“没事了，没事了。”小智看到莎莉娜在他怀里大哭，小智好像开窍般拍了拍她的后背安慰她。
不知为何，他有些气自己，气自己让莎莉娜遭到这种事，那头要吃了莎莉娜的化石翼龙小智绝对不会轻易放过。