两年前，大都市。
一艘如同甲壳虫的黝黑飞船从宇宙深空出现在地球外。
同一时间，地球上的所有电子设备上都出现了“ you are not alone”，这句话以不同的语言在地球上所有国家循环播放着。
埃克斯的地下室
“不行，氪星的技术还是太强了，我无法进行破解。”埃克斯挠了挠后脑勺。
一旁的戴安娜抱住埃克斯安慰。
摸着戴安娜的手臂，埃克斯对着面前的空气说道：“让史蒂夫.特雷弗做好准备，所有的救援机器人准备随时出发。”
“遵命，先生。”面前出现了一个虚拟的小女孩，她是埃克斯研究的人工智能艾娃。
埃克斯将她的代码在这个世界也写了出来。
“我准备抢一艘氪星飞船。”将戴安娜抱在怀里，埃克斯看着她的眼睛说道。
“需要我帮忙吗？”戴安娜问道。
“不用，我现在的力量已经比超人要更加强大，一切顺利的话甚至不需要动手。再说，你不是厌倦了战争嘛，在家等我回来就好。”温柔的在戴安娜的柔唇上一吻，埃克斯起身。
纳米战甲逐渐覆盖全身，一只人型白虎出现。
一处荒漠中，超人克拉克.肯特、露易丝.莱恩、阿美瑞肯的国防部长和士兵们严阵以待。
氪星飞船从天而降，超人为了地球的安全自愿被佐德将军带走，一同上飞船的还有露易丝莱恩。
来到氪星飞船的克拉克适应不了氪星的大气，吐血昏迷了过去。醒来之后，光头氪星科学家抽了他一管血。
与此同时佐德将军和手下乘坐两艘甲壳型飞船飞往地球。
露易丝将超人的密钥插入了飞船中召唤出了超人的父亲乔.艾尔，一个拥有着超人生父所有记忆和情感的人工生命。
乔.艾尔改变了飞船的大气，超人恢复了力量。另一边露易丝在乔.艾尔的帮助下拔出密钥乘坐逃生舱飞向地球，只是在这之前逃生舱被氪星人射了一个大洞。
露易丝遭遇危险，克拉克立即前去救援。带着露易丝安全落地，克拉克听到了母亲遭遇危险，爆发出巨大的力量飞向家乡。
暴怒的克拉克将佐德按在地上摩擦，破坏了他的防护面罩。被太阳照射到的佐德瞬间感受到无数的声音回响在耳边，这让他痛苦不堪。
手下立刻将佐德带回飞船，留下两人阻击超人。
回到飞船的佐德从光头科学家口中得知复兴氪星的希望就在超人的细胞里，不管死活都可以从超人身上提取出氪星基因库-生命法典。
飞船分为两半，世界引擎落在了印度洋，氪星飞船则是来到大都市。
“出动所有的救援机器人。”埃克斯下令。
数以万计的红白色机器人从各个地方飞出，将不知道情况的人们从氪星飞船下方撤离出。
阿美瑞肯的战斗机向着氪星飞船发起了攻击，但是飞弹在靠近飞船时便因为重力紊乱而失去目标胡乱飞舞。
所有战机也因此坠毁，在下方的城市里发生巨大爆炸。看到这一切的人们此刻无比感谢着这些红白机器人，他们逃过一劫。
氪星飞船发出重力波，结合地球对面的世界引擎开始改变地球环境。
超人和军队商量过后兵分两路，超人前去印度洋破坏世界引擎。大都市这边则是用两个装载着幻影引擎的飞船对撞产生奇点，将氪星飞船毁灭。
北极，佐德将军来到一个氪星飞船面前。这是一万八千多年前就来到地球的前哨飞船，也是乔.艾尔为克拉克准备的，里面有着氪星的生育箱，作为振兴氪星重要的一环。
佐德驾驶着前哨飞船准备击落前面运载着幻影引擎的飞机，但是超人及时赶来将前哨飞船摧毁。
两个幻影引擎相撞，产生的奇点吸走了周围的一切，超人抱着露易丝艰难的飞出引力范围。
奇点消失，留下一地残骸。这段时间里，救援型机器人已经撤离了所有人。虽然城市变成了废墟，但是人员伤亡却是为零。
废墟中，佐德跪地。他憎恨克拉克，因为超人毁了重建氪星的所有希望！
愤怒的佐德和超人展开了激烈的大战，而埃克斯从始至终都只是看着，没有丝毫干涉的意思。
隐蔽在暗处的埃克斯来到了前哨飞船里，被超人热视线毁了大多数机体的飞船正在自我修复中。
外面，两名超人类爆发出惊天动地的大战。一拳一脚都有巨大的冲击产生，震荡着周围的空气。
他们从地面打到高楼，又从高楼打到太空，最终两人带着碎裂的卫星如同陨石一样砸入大都市。
佐德被超人按在地上暴揍，直至佐德无力再战。佐德单膝跪地，所有的希望全部破灭。
突然他看到远处带着人类撤离的机器人：“如果你真的这么爱地球上的人类，那么就证明给我看看。”
佐德踉踉跄跄的飞起来，热视线爆射而出。
超人立刻前去救人，但是有点来不及。
这时一个人形白虎挡住了热视线，接着飞到佐德面前用右手掐住了他的脖子。
超人神情紧张，当他看到神秘人绕到佐德身后用双手扭断他的脖子时，超人心中有一种说不出的感觉。先是无尽的悲伤，接着有一种特别的孤独感。
埃克斯杀完佐德后来到前哨飞船前方，他准备将它搬走。
超人站出来阻止：“它不属于你，将它放下！”
埃克斯放下飞船，活动了一下四肢。
没有说话，埃克斯和超人展开了又一场大战。
“砰、砰、砰”两人拳拳到肉，四周的大楼在他们的攻击下尽数倒塌。
超人见到破坏太大于是便将战场转移到了空中。
埃克斯躲过超人凶猛的一拳，抓住他的披风开始了托马斯回旋。松开手，超人被狠狠的甩到地上。
重重的一脚踢在超人的头上，将他击晕过去。看着几百米外躺着的超人，埃克斯带着佐德的尸体来到前哨飞船前。
将佐德放进飞船里，埃克斯将飞船举起。飞到半空他看见太空中莱克斯集团的卫星聚焦在这里，于是他飞到卫星能够拍到自己的位置伸手打了个招呼。
打完招呼的埃克斯托着飞船来到了秘密基地，一处建在铅矿里的基地(铅可以阻止超人的透视)。
这处基地不仅被铅包裹，而且采用了最好的隔音材料，一切都是为了防止被超人发现。