三个月之后，耽罗岛基地建造的两支44艘由福船、苍山船和海苍船的舰队建造完毕，正式下水。在这段时间，水陆两军也操练完毕，台湾调过来护卫的舰队中抽出了两支作为训练舰训练水军，水军中本来就运送了部分陆战步兵正好充当教官训练新兵，迅速就成军了。
这还是因为训练水军耽搁时间，新人中很多人不习水战，每天大半的时间上船，小半的时间学习游泳，到变成合格的水兵就用去了一个月时间。至于陆军，当年戚继光把农民和矿工训练成军只花了两个月，一个月入门，一个月能战。
平海卫大战时戚继光以四千老兵打底，招募新兵一边行军一边训练，能到达福建就成军了，戚家军成军的时间是很快的。正好在这三个月中，耽罗岛上的军工业也初步成型生产出了第一批武器，当然是水战装备优先，正好用上，耽罗本岛护卫力量成型，本来台湾调过来协防的舰队调回去了一半。
至于在台湾训练骑兵，因为兵源本来就是牧民，骑术底子很好，训练主要就是纪律，三个月下来，早就令行禁止。骑兵使用的大多是长兵器，传授长枪的破阵枪法和长刀的春秋刀法，当然招式经过精简，各八个动作，很快就能掌握，接下来只要训练速度力量这些身体素质指标就行了。
沈飞和完颜萍传授了韩山童、杨三姑和李兰茵骑射技术，现在修炼时间还短，以后功力增强了，都不会低于郭靖的水平，沈飞让韩山童到台湾担任骑射的总教官，至于徐达、常遇春和韩林儿三个人，虽然参加了一次攻占耽罗岛之战，毕竟还是未成年人，就让他们参加骑射和五行旗训练，同时跟随师兄韩山童继续修炼内家拳。
平时用打马球的娱乐活动训练骑兵编队，可以避免生活枯燥。至于骑兵的另一项必备技能，“骑射”的训练方法也是一种娱乐活动，就是打猎。早就已经准备了最好的移动靶：兔子。兔子是哺乳动物中最能繁殖的几种，一年能生40只，半年就能成年。这些年已经养殖了数以十万计，作为肉食来源之一，又是出名的跑得快，是训练骑射最好的目标。
在训练场周围建起一米半高的围墙，保证兔子无法攀爬或跳跃出去，先是放100只兔子，逐步增加到1000只，骑兵人数也由100人相应增加到1000人射击兔子，直到把所有兔子全部射中为止。一开始追击射求准头，到后来追求射击速度，在越来越短的时间里完成所有活动靶的射击。
在花费了数以十万计的箭支以后，练到能在五分钟之内清场为训练完成，反正绝大部分箭枝都是可以回收反复使用了，消耗其实很少。一支骑兵练成之后，就替换练下一支，不过为了保持技术一天围猎一次兔子，打一次马球也就够了。至于春秋刀法和破阵枪法不骑马也可以练习，不过速度、力量这些身体素质，就需要一天天磨，长期练才能见效，至少要龙象般若功达到一重。
耽罗岛的牧民，在蒙元称为牧户，就不是孤身一人，是有家属的。他们的家属也是和台湾一样的待遇，小孩子先学习基础文化，妻子则参加生产，主要是配制火药，也是有薪水拿的。拿捏着家属，这就是一种控制手段，不必担心那些训练出来的骑兵反复。
不过骑兵亲一色使用原牧民和南方蒙元驻军毕竟也不妥当，在训练出两批以后，也把汉民兵源放到耽罗岛上去训练，先学牧马，再学骑兵，估计等那些牧民全部转换成了骑兵以后，牧马人就可以全部由汉人接手了。骑兵最小100人编队不混编，其他编队都可以进行混编，先在训练中磨合，以后出战就可以无缝配合。
对于手下的武装力量，沈飞也作出了一些略微调整，首先以商队护卫面目出现的鸳鸯阵战队，已经配备了虎蹲炮和神机箭，现在局势已经有了变化，这些商队又是大部分在自己的地盘上活动，可以更大胆一些，即便偶尔到邻省送货，乱世商队护卫力量强一些也不算太离奇的事，一起发财的事情通常也不会翻脸。
再就是五行旗将领的调整，傅友德20岁，汤和19岁了，之前是按杭州头目的待遇培养的，现在已经成年，传授他们全本《九阴真经》，让他们顶下陈普文和赵普胜的职务担任掌旗使，其他的五行旗正副掌旗使也都一样升级待遇，每人抗毒蛇血和十枚蛇胆，外加全本《九阴真经》。
这个待遇其实已经超过了记名弟子，记名弟子可没有蛇血和蛇胆，只不过不在桃花岛上修炼而已，有了《碧血剑》华山派和全真内功的底子，他们修炼《九阴真经》的进境不会慢，五行旗算得上核心的特种部队，待遇高一些是应该的。
一番调整下来，锐金旗掌旗使张士诚、副掌旗使张士信，巨木旗掌旗使傅友德、副掌旗使李伯升，洪水旗掌旗使方国珍、副掌旗使方国瑛，烈火旗掌旗使花云，副掌旗使汤和，厚土旗掌旗使吴良，副掌旗使吴祯。
这里人里三对是亲兄弟，其实方家张家还有几个兄弟，比如方国珍的哥哥方国璋，张士诚的哥哥张士德，也是杭州头目的待遇武功配置。为了不影响掌旗使的威望，没有留在五行旗里，调离到步兵中充当鸳鸯阵战队的将领了。
而且沈飞的五行旗编制和小说中杨逍在屠狮大会上指挥的光明顶总坛直属五行旗有所不同，光明顶的五行旗指挥方式是白旗号令锐金旗、青旗号令巨木旗、红旗号令烈火旗、黑旗号令洪水旗、黄旗号令厚土旗。沈飞的五行旗指挥系统则没有这样各旗和颜色的对应，而是按军事指挥的惯例把方位和旗帜对应起来。
这是戚继光十八卷《纪效新书》中总结过了，按中国历代军事指挥的常规：黄旗对应中军、红旗对应前军、白话对应右军、青旗代表左军、黑旗代表右军。锣鼓旗帜是古代军事指挥的核心，因此戚继光练兵第一条就是“练目耳”，就是要士兵明白各种乐器和旗帜颜色代表的指令含义，五种颜色的旗帜代表五个方位就是基本的一条。
比如“看右看齐”、“右军出动”等指令都是由白旗发布，与左方有关的指令则是由青旗发布，以此类推。极少扯着嗓子用口令发布命令，除非是一些极其复杂，光是旗令锣鼓表达不清楚含义的命令才通过传令兵用口令传达。
彭莹玉的九大“普字辈”核心弟子中，陈普文和赵普胜卸任掌旗使后留下成为彭莹玉的副手协助管理台湾，况普天掌握情报部门还主持杭州据点，以“蛤蟆功”为核心的《海蟾经》修炼进境极快，这段时间来已经有不少人的功力不下于“普”字辈，被提拔成头目，就有六个“普”字辈弟子空闲了下来。
就让这六个人带上一批骨干教官前往安徽，红巾军出兵北伐带走了大部分精兵，也就是郭子兴和郭天叙父子还留在那里，威望极高的“普”字辈弟子进入后很快就能架空他们掌握实权，再加上早就已经在安徽铺开的情报网和各项产业的配合，加上戚家军的训练方式极快的成军时间，很快就能把安徽也纳入沈飞的控制之下。
趁着现在安徽没有蒙元势力，训练军队、打造军器、加固城防、修筑工事、整修道路，已经是沈飞地盘的南方各省同样的事情，在安徽都是可以光明正大的干，等到把安徽也经营地铁桶一样，江西、山东、河南、湖北这些可都是相邻的省，随时可以进兵中原。接下来的缺的就只是时间了，为了应对以后扩张的人手准备，第三批葵花卫又是200人开始了训练。
转眼两年时间过去，这段时间北方风起云涌，被红巾军搅得天翻地覆。红巾军四路北伐的情形和历史上差不多，毛贵、续继祖、陈进统帅的东路军已经占领山东半岛大部，经营成了基地，过程中打得最长的一仗就是攻克济南。原来地方豪强和元军纷纷反正，田丰、余宝是其中代表。
在济南集结大军后，挥军北方直取蒙元心脏大都，已经攻克了大都屏障蓟州，前锋到达了离大都一百二十里的通县，不过部队伤亡也不小，目前主力正停驻在柳州，准备等待中路军会合军力大增后共同邀击大都。
李武、白不信统帅的中路军进击潼关，在河南、山西、陕西和元军答失八都鲁、察罕特穆儿部几经交战，互有胜负，对峙了一阵，白不信见潼关难克，就绕路从河南南阳与湖北襄阳的交界处武关进军关中，甩开元军主力与李武部会合，把关中搅得一片混乱。不过察罕特穆尔脱离答失八都鲁以后，迅速追到关中，中路军逐渐已经陷入了被动。
中路军由关铎、潘诚、沙刘和冯长舅统帅，从山东出发，攻克河北大名后，翻越大太山进入山西腹地，原本打算兵分居庸关和保定南北两路，配合东路军围攻大都。不过攻击保定不克，难以完成会合计划，从山西北上拿下完州以后攻克了重镇大同，打开了通过塞外的道路，杀向了蒙元老巢上都。
在这两年之中，沈飞继续进行着练兵、养马、打造车船军器、训练葵花卫这些常规项目，桃花岛上的第一批亲传弟子已经毕业，补充到了军队和南塘帮的情报部门，用移魂大法逼问口供，清理出了一大批各路奸细。
第二批500个性格沉静的亲传弟子已经选拔了出来上了桃花岛进行训练。而这个时候，不出一直算着时间的沈飞所料，一件推动剧情节点的事情发生了，张翠山一家回来了。