四十五亿年前，宇宙未分，天地不见，没有日月星辰，没有高山湖海，五行没有诞生，更不见天干地支，只有黑气一团。一晃亿万年过去，黑气变幻，混沌初现，幽泉先生，菩提后现，幽泉为阴，菩提为阳。至此，阴阳现世，阴阳相交，孕育混沌，混沌壳破，诞出滇汝、江包、玄真、泥沽、汗青、提沸、雍泉、泗水、红雨、青气、降沸、重汗、里伍、丘里、洞汰、江沽十六分支。江沽造出水土，水土演化成就须弥山。
石龙老祖于须弥山收徒传法，座下一门徒玄元老祖，玄元立志改变黑暗的混沌状态。而后方有玄元出世，划五山连四脉，演化人事沧桑。
玄元老祖于青护山脉与昆仑山脉交接处玄黄山收九色莲花台，借玄黄山玄为姓，自名元、号贞一。青护山生白气，昆仑山生赤气，白赤两气相就化人，玄元收其为徒取名奇妙子。于玄黄山洞府广收门徒传法教化生灵，洞府分三层，一层澒鸿濛，二层波罗宫，三层犹云洞。一日玄元师徒出洞府，见玄黄山地目处生一紫气，天目处生一青气，紫青气合化成一宝物，突然一浪荡子飞来，抢先将此宝吞下，玄元怒斩浪荡子得宝物，劈开宝物化青为天，化紫为地，分浪荡子尸化五人，收其为弟子分别取名智精准（后改姓周），礼神明（后改姓能），仁质朴（后改姓许），义黄长（后改姓陈），信咸载（后改姓杜），回归洞府后为弟子传法讲解河图洛书。
又一日玄元老祖出洞府于青护山收15人为弟子分别为一微妙子，二精妙子，三宁静子，四清静子，五安静子，六居静子，七泰静子，八心地子，九光明子，十明心子，十一见性子，十二神示子，十三清宁子，十四普济子，十五广度子。青护山中有五树分为优波罗苍树，七珍妙树，七宝妙树，菩提树，梭罗树。玄元摇动波罗苍树，掉落九片树叶化为九人收为弟子（后必成佛），分别前三佛为一颊薨，二为弩西，三为縻瑱，中三佛为一绿箜，二笙浏，三笔觉，末三佛为一绛工，二纸筲，三洱含。颊薨取七珍妙树上宝物枝尼，绿箜取七宝妙树上宝物锡杖，绛工取菩提树上宝物如意，献给玄元。齐回洞府后。玄元注连山八卦，演浑天甲子。
又一日，玄元留奇妙子守洞府，带其他弟子游玩昆仑山，见一混沌兽，玄元用法宝定海针，灵宝大法印与手持镇天棍混沌兽斗法，收混沌兽为坐骑取名獾兜神。
然后，玄元等一行于昆仑山中游玩，见一女仙朦，在山中生下两肉球，劈开肉球现十男十二女，分别为天干与地支，甲启湮逢，乙晏旃蒙，丙智柔兆，丁晁强国，戊气著雍，已晋屠维，庚昋上章，辛佝重光，壬昊玄默，癸宙昭阳；子释田敦，丑畅赤奋，寅昧挕提格，卯昕单阏，辰昭执徐，巳明落荒，午晏敦藏，未昌协洽，申旺涒滩，酉旰作噩，戌昏阉茂，亥熏大渊献。天干为父，地支为母。玄元老祖收此23人为弟子，回归洞府。
于此同时留守洞府的奇妙子，无聊中，于洞府外和泥捏泥人玩，刚把5个泥人捏好。恰逢玄元老祖回洞府，看到5个泥人只能向玄元点头，不能弯腰行礼。玄元吓唬奇妙子，泥人为什么不恭敬。奇妙子胆战心惊的解释。玄元施展道法，将五泥人化人后收为弟子。进入洞府玄元见一众弟子没有秩序乱站位，因此给一众弟子排班站位分前后大小，众弟子见最前面六个位置是空的，询问玄元。玄元解释说，还有六个大徒弟在山中修炼没有在洞府中。奇妙子询问哪六个大师兄。玄元老祖开始排班定位。老祖说，大弟子清华，二弟子鸿濛，三弟子老子，四弟子兆仙，五弟子弼亏，六弟子女阿仙。七弟子奇妙子，八弟子智精准（后改姓周），九弟子礼神明（后改姓能），十弟子仁质朴（后改姓许），十一弟子义黄长（后改姓陈），十二弟子信咸载（后改姓杜），十三弟子微妙子，十四弟子精妙子，十五弟子宁静子，十六弟子清静子，十七弟子安静子，十八弟子居静子，十九弟子泰静子，二十弟子心地子，二十一弟子光明子，二十二弟子明心子，二十三弟子见性子，二十四弟子神示子，二十五弟子清宁子，二十六弟子普济子，二十七弟子广度子，二十八弟子颊薨子，二十九弟子为弩西，三十为縻瑱，三十一绿箜，三十二笙浏子，三十三笔觉，三十四绛工，三十五纸筲，三十六洱含，三十七獾兜神，三十八朦当（女娲），三十九启湮逢，四十晏旃蒙，四十一智柔兆，四十二晁强国，四十三气著雍，四十四晋屠维，四十五昋上章，四十六佝重光，四十七昊玄默，四十八宙昭阳；四十九释田敦，五十畅赤奋，五十一昧挕提格，五十二昕单阏，五十三昭执徐，五十四明落荒，五十五晏敦藏，五十六昌协洽，五十七旺涒滩，五十八旰作噩，五十九昏阉茂，六十熏大渊献，六十一泥隐子（身长三丈八），六十二泥建佛（身长三丈六），六十三鸿化（身长四丈），六十四浮仙（身长三丈五），六十五乩仙身（身长三丈四）。
又吩咐说大弟子清华在岩若山，鸿濛老子在话嚣山，兆仙在浮鸟山，弼亏在匡岷山，女娲在丹凤山。随后，老祖赐宝物尼枝予前三佛，立颊薨为佛尊，弩西未来是弃佛，縻瑱为尸佛，坐镇密哪山；赐宝物锡杖予中三佛，立绿箜古佛，笙浏为元佛，笔觉为登佛，坐镇亟湗山；赐宝物如意予末三佛，立绛工为会佛，纸筲为兆佛，洱含为悠悠佛，坐镇灵峄山。
此九人离开洞府后，玄元招呼六十一徒泥隐子到九彩莲花台前，将一葫芦宝物赐给泥隐子，告诉泥隐子以后洪水泡天庭的时候，用此葫芦宝物收水去灾。玄元又赐给泥隐子三只宝笔，吩咐泥隐子，一支为画天笔（可画天，地，日月星辰）转交给一个叫婆罗婆的人，一支为画地笔（可画江河，山林），一只为画人笔。并传授泥隐子宝物的使用法诀。说毕，玄元返回洞府自行修炼去了。
万万年后，一日修炼中的泥隐子心中烦闷，出洞府，到昆仑山游玩，在莲花池遇见一少年，收少年为弟子，取名末叶（佛祖）。又至须弥山中游玩，进入须弥洞，与在此洞中修行的12人闲聊，12人分别为接引道人，菩提老祖，弥勒，张贤，通天，斗姆，青眉，元始天尊，玄女娘娘，麦芽老祖，太清古神，白妃娘娘。
白妃娘娘配对定光（昊天圣母子嗣定光，厚土，崩婆）于昆仑山中定光寺修炼，一日口渴，取昆仑山上三口井中各饮一口，十八年后诞下葫芦精灵三姐妹，取名分别为鸿儒，鸿皓，鸿均（三人均为上古莲根化人借白妃诞下）。后来泥隐子做媒将鸿钧末叶配成对。一日鸿钧问定光，天，地，人，万物，日月，星辰何时能生出，定光告诉鸿钧一应人事演化。鸿钧牢记在心。
当初玄元在玄黄山斩浪荡子，分为五块化五行，浪荡子的血流淌出来，聚化成仙胎（金木水火为父，土为母），万万年后，鸿钧用末叶赐的画人笔，在仙胎上画人成行。后一万八千年，仙胎化盘古出世，盘古出世后，出西方取一颗星辰化为斧，得一宝錾子化为敲天砍，又得一珍宝化为钻地钎。至此，盘古开出天，辟出地，用身体将天地顶开来，尊鸿钧师命寻崩婆于咸池，三请日神（孙开）月神（唐末）。三请日月不出，用师传咒法逼出日月，日月子嗣化为星辰，此后盘古身化五岳，目配日月发光，血配江河滚滚，毫毛生为草木。
盘古开天地后，天地劫数未尽。每一万八千年一次劫难，三次天劫均是水泡天庭，每次天劫导致一众生灵绝种绝代。因此众神仙定下会元纪年，一元十二会，一元一万八千年，一会1500年。每一会元均是天地生死卷。第一次天劫清水泡天庭，佛祖末叶出世平；第二次天劫黑水泡天庭，昊天圣母赶走祸首黑龙，玄天台真法宝吸尽黑水；第三次天劫洪水泡天庭，鸿钧现身，斩杀祸首黑龙等，夺回玄元所赐葫芦并收回洪水。
第三次天劫后，鸿钧回洞府，打开葫芦，葫芦内走出伏羲和女娲二兄妹，伏羲为太昊圣母华胥之子，女娲乃玄元三十八徒朦当转世为太昊圣母之女。二兄妹解释，第二次劫难后，二人在玄黄山修炼，山中一葫芦劝说二人进入葫芦，以躲避第三次洪水泡天庭劫难。自第三次劫难洪水泡天庭后，人族已经断了根本，只余二兄妹。为人族传承大计，鸿钧劝说二人配婚。女娲不同意，二人本是同胞，哪有兄妹配婚。鸿钧不悦，劝说二人，自大劫后，真正的血肉人族已绝，其他都是妖、灵化人像。女娲说要想二人结成婚配，除非金龟开口说人话。话音落下，上古金龟上前发声劝说，二人乃天定姻缘（劝说过程中其他事件详见《黑暗传》）。最终，伏羲女娲成婚，自此人族由此源源流长。伏羲女娲诞下龙凤胎，男名伏生，女名安生。生下二人后，女娲和伏羲商量，如果只靠自己二人，何时才能人族成群，不如捏泥塑造人形，施法合其精血于身，将天精地灵附其魂魄，以加快人族繁衍。随后，二人开始捏黄泥造人，第一批，泥人塑成后，太阳下阴干，天降大雨，紧急将泥人扫进洞府，造成身有残缺；第二批，为避免残缺，泥人塑成后，用火炼干，因为火候过重，泥人变黑，将其安置在南方；第三批，火候过轻，泥人发白，发配到西方；第四批，火候正好，泥人本色发黄，陪伴伏生、安生，共处中土神州。
此后神州进入三皇时代，伏羲坐镇龙庭，天皇十二兄弟一万八千载开四季、天干地支轮回定年月日；地皇十一人一万八千年日开阴阳定时辰，月开三旬定朔望，人皇九人一万八千年开东南西北定四方，又定天下分九州，三皇治世共计五万八千年。三皇期间，每逢一万八千载地劫降临，神州大地四分五裂，演变成如今七洲四洋之分。最后一次地劫时，共工乱乾坤，祝融率众征讨，共工败后，怒撞不周山，撞倒擎天柱，导致北天塌陷、洪水成灾，天人二界分离。龙庭震怒，女娲复出，剑斩共工，炼五彩神石补天一角。其后五帝治民，尧舜禅位，大禹治水，启开创夏王朝。自此神州大地华夏文明源源五千年。华夏儿女自称炎黄子孙，炎黄实乃玄黄，神州起源玄黄山，又称龙的传人，伏羲女娲原为龙首蛇身。
后商纣不尊女娲，天庭震怒，封神榜出，西周灭商，自此人界分离成修真与凡二界。此后有志者，四处找寻遗留道统，获取仙缘。以待肉身再入修真界。后人更注《搜神记》以记载保留有志者，追寻向道之旅。