北宋末年。金兵南侵，社会动荡，为保圣裔，孔子第48代孙袭封衍圣公孔端友背负孔子和亓官夫人楷木像，随高宗赵构南渡。
宋高宗敕赐孔子家族庙宅于衢州。孔家在衢州复设家庙，祭祀孔子。
而留在山东的其他孔子后裔，继续主持孔府事务，先后有孔端友之弟等多人被伪齐、金、元政权立为衍圣公。
金、元衍圣公并存9年，各拥势力，明争暗斗。至此便形成了南北两派孔子后裔，三位衍圣公并存的特殊局面。
直到元兵南下，南宋灭亡。
元太宗五年，诏令金衍圣公孔元措续任元衍圣公，元初新封衍圣公孔元用被免爵。孔元用之子孔治世袭曲阜县令以后，又设计使孔元措之子孔浈失去衍圣公爵位。阙里孔子后裔斯文扫地。
孔洙虽为前宋衍圣公，仍是元初朝野公认的孔子家族大宗之首。元世祖忽必烈许以高官厚禄，征召孔洙载爵归鲁奉祀。
孔洙对于金、元政权各自利用孔子圣裔，挑拨曲阜孔氏陷于分裂，孔洙倍感忧虑。经过深思熟虑，孔洙决计行使大宗之主的权威，运用儒家的中庸之道，以“让爵”之举阻止元朝统治者“以孔治孔”图谋，挽回曲阜孔氏的圣裔尊严。
但南北两宗依旧各自奉祀家庙，代代传承。
此后，孔府北宗世袭衍圣公，而南宗则失去了爵位。
直到明正德元年，明武宗封南宗孔子59代嫡长孙孔彦绳为翰林院五经博士，正八品，子孙世袭。
当代南宗孔家家主为孔贞运，孔子六十三世嫡长孙。万历四十三年承袭翰林院五经博士之职，同时担任衢州孔氏家庙主鬯。
另外，朝臣之中还有一位孔贞运。同样是是孔子的第六十三代孙。
孔贞运，字开仲，江左池州府建德县人，万历四十七年榜眼。如今担任国子监祭酒，进少詹事。
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当孔贞运听说陆延召集数百家丁衙役往孔家而来的时候彻底急了。
“混账，你好大的胆子，你是不是要害死孔家！”孔贞运拿着戒尺抽在孔贞吉背上。
“大哥，这些都是恶奴瞒着我做的！我真不知道啊！”孔贞吉狡辩道。
旁边，孔庆被五花大绑，嘴巴被塞得严严实实，一个字都说不出来！
“混账！还敢胡说，若是没有你嘱意，就是给这奴才十个胆子他也不敢对巡抚出手的！”孔贞运又连抽了三下，累得气喘吁吁。
毕竟孔贞运也是70岁高龄了，能有力气打人已经算是身子骨硬朗了。
孔庆连连点头，孔贞吉气得一脚将他踢翻！
孔贞吉喊了起来：“就算是我做的，那我还不是为了孔家，没有我你以为你靠着朝廷的俸禄能养得起戏班子，能养这么多仆人，能讨那么多小妾？”
孔贞运默然，长长叹了口气。
“就算如此，那粮行被封了，先与我说啊，为兄可以找镇安伯说情，想必他会卖一个面子的！你........哎！”
孔贞吉冷笑一声，“你真以为孔家的面子值钱呐，便是北宗，不也被削爵了？”
孔贞运道：“那是他们德不配位，才遭至此祸！”
孔贞吉道：“礼教崩坏，孔家已经不是那个南孔圣地了！”
此时，一个仆人匆匆跑来。
“老爷，不好了，官兵将府邸团团围住了！”
孔贞运哼道：“来人，看住这两人，若是走脱了，你们后果自负！”
看到孔贞运真的发怒了，那些家丁也不敢怠慢，将孔贞吉和孔庆二人看得死死的。
孔贞运亲自请陆延来到花厅坐下。
“见过孔博士，久仰大名。”陆延道。
孔贞运十分客气：“不敢，抚台大人不过弱冠之年，已经是名满天下了！”
陆延也懒得拐弯抹角，直接说道：“今日，百姓冲击衙署之事，孔博士可知晓了，我从一些人口中审问到了一些情况，这才来孔府。”
陆延将一沓卷宗放在桌上。
孔贞运接过一看，冷汗立即下来了。
被抓的有六名孔家家丁，以及一些帮闲无赖，全部指认是孔贞吉指使，让他们煽风点火，掀起民乱，冲击衙署！
对一个巡抚级别的大臣出手，这已经是杀头的大罪了！
孔贞运继续往下翻，下面还有孔家侵吞数千亩民田的证据！
孔贞运的手都在颤抖：“只怪在下老迈，疏于管教，这才导致孔家出了这样的败类啊！”
陆延道：“孔博士德高望重，但还是要注意啊，且不可让某些小人抹黑了孔家的名声！”
“抚台说的是！”孔贞运道。
陆延道：“我此来，只为两点，一是交出孔贞吉。”
孔贞运满心苦涩，他原本还想卖一下老脸，看看能不能弃车保帅，保住孔贞吉。
“这，不知道贞吉他........”
陆延道：“此事闹得满城风雨，孔贞吉死罪可免，活罪难逃，流放三千里。”
“第二便是，孔家交换那三千亩良田，此事便算了了。”
孔贞运昏黄的眼睛动了动，正准备答应。
陆延没有杀孔贞吉，已经是给足了孔家面子，若是真曝出孔家意图杀害巡抚，那南孔的名声是真的丢尽了！
他孔贞运是真没脸下去见列祖列宗了！
但就在孔贞运要答应之时，孔贞吉突然冲了进来。
“大哥，不能答应啊！陆延，你要杀就杀我吧，那些田都是我真金白银买回来的，哪里算什么侵占民田！”
孔贞运脸色涨红，一拍桌子道：“混账，我才是孔家家主，岂有你说话的份！”
孔贞吉道：“大哥，现在粮行没了，若是这些田也没了，咱们孔家上下数百口吃什么喝什么啊！不能交出田啊！”
陆延冷笑一声：“呵呵，你孔家积累数百年，家产岂止这些，好一个要钱不要命！”
“孔贞吉，莫非以为我不敢杀你？”
孔贞运脸色涨红：“混账，此事我答应了！希望抚台能够遵守约定！”
“可以！”陆延点点头，“来人，将这孔贞吉绑了！”
外面，孔家家丁十分贴心地将孔庆也绑了来。