《新世纪福音战士-终》主角碇真嗣使用盖乌斯之枪完成最后的补完后，在和真希波携手走进没有eva的新世界之前，神秘人给予了他第二次选择的机会，一个回到一切故事ププ的机会，一个可以见到最初那些人的机会。
在经历了《迪迦奥特曼》《假面骑士龙骑》《数码宝贝》《某科学超电磁炮》…等诸多世界，带着改变遗憾的决心，碇真嗣回到了第三次冲击前的世界…
