木叶历57年，九尾之乱刚过，木叶村千疮百孔，三代火影威望受损，水户门炎、转寝小春和团藏趁机把控大权，与忍族联盟勾结，打压平民忍者。宇智波一族因在九尾事件中被怀疑，被高层严密监视，内部激进派和保守派矛盾激化，主角宇智波斗焕就在这样的环境中登场，他决心打破现状，带领宇智波走向巅峰。
