在朝堂上，秦孝公的旧臣，代表旧贵族的甘龙和杜挚，站了出来，他们极力反对这一变法计划。
甘龙首先发难，他以秦国的现状为理由，指出秦国在文化、法制和社会结构上的稳定性，并以此为论据，质疑变法的必要性。
他警告孝公，变法可能会引发国内动荡，导致贵族势力衰落，伤及秦国的根本。
杜挚紧随其后，他以史为鉴，举例说明其他国家在变法后带来的灾难性后果，他希望孝公能够考虑到这些可能出现的危机。
他们认为，如果没有百倍的利益就不应该变法，没有十倍的功效就不应该更换工具。他们还强调：“法古无过，循礼无邪。”
然而，商鞅并没有被他们的言论所说服。他针锋相对地指出：“前世不同教，何古之法？帝王不相复，何礼之循？”
他进一步强调，治理国家不应该只遵循一种方法，而应该根据实际情况制定法律；成就大事也不应该只拘泥于旧的礼数，而应该根据实际情况制定适当的礼仪。
商鞅的言论无疑是对旧贵族所谓“法古”、“循礼”的复古主张的驳斥。
他以历史进化的思想为实行变法作了舆论准备，主张根据时代的特点制定法律，根据现实的情况制作礼仪。
这场争论为实行变法打下了良好的基础。尽管旧贵族反对变法，但商鞅仍然坚定地支持秦孝公推行变法。
通过这场争论，商鞅也展示了他的智慧和能力，为秦国实行变法创造了良好的条件。
变法之争结束后，秦孝公于公元前359年命商鞅在秦国国内颁布《垦草令》，作为全面变法的序幕。
其主要内容有：刺激农业生产、抑制商业发展、重塑社会价值观，提高农业的社会认知度、削弱贵族、官吏的特权，让国内贵族加入到农业生产中、实行统一的税租制度等改革方略。
《垦草令》在秦国成功实施后，秦孝公于公元前356年任命商鞅为左庶长，在秦国国内实行第一次变法。
变法的主要内容有：改革户籍制度实行什伍连坐法、明令军法奖励军功、废除世卿世禄制度、建立二十等爵制、严惩私斗、奖励耕织重农抑商、改法为律制定秦律、推行小家庭制等改革方略。
咸阳（今陕西省咸阳市东北）位于关中平原中部，北依高原，南临渭河，顺渭河而下可直入黄河，终南山与渭河之间可直通函谷关。
为便于向函谷关以东发展，秦孝公于公元前350年命商鞅征调士卒，按照鲁国、卫国的国都规模修筑冀阙宫廷，营造新都，并于次年将国都从栎阳（今陕西省渭南市富平县东南）迁至咸阳，同时命商鞅在秦国国内进行第二次变法。
其主要内容有：开阡陌封疆，废井田，制辕田，允许土地私有及买卖、推行县制、初为赋、统一度量衡、燔诗书而明法令，塞私门之请，禁游宦之民、执行分户令禁止百姓父子兄弟同居一室等改革方略。
特别是针对官员的监察审计制度，商鞅也做了大刀阔斧式的改革。
他认为“度而取长，称而取重，权而索利”是人之本性。
掌握权力的官员容易产生营私舞弊的思想和贪赃枉法的行为，必须加强对官员的监督审计考察，重罚轻赏思想是商鞅提出的审计监督思想。
商鞅主张“禁利”、“贵势”、“利异”，指出当时监督官员和制度存在的局限性，强调“利异相监”的重要性，这与今天的审计监督具有共通之处。
商鞅认为：国君役使和限制臣下的东西是赏赐和刑罚。赏赐依据功劳，刑罚根据罪行。
所以论定功劳，调查罪行不能不审慎。赏功罚罪，但国君不确知其中的道理，那同没有法度是一样的。
凡是懂得法度的都懂依仗权势统治的方法。所以古代帝王不仗恃他的强悍而是仗恃他的权力；不仗恃他的忠信而是他的统治方法。
如今飞蓬遇旋风而行程千里，是凭借风势啊；测量深潭的人能够知道八千尺的深度是运用了悬绳测量法。所以凭借外部力量即使道路遥远也一定能到达。
掌握了测量方法即使非常深也一定能测出来。就像离娄在黑夜中连高大的山也看不见，而清晨的阳光明亮，他能够辨别天上的飞鸟，地上秋天的毫毛。
所以眼睛能看见东西是靠太阳的光明。善于掌握权势的君主不需多设官吏而有廉洁的效果，运用合适的方法处理事物。
现在治国的人，依靠官多吏众，官吏下又设辅佐和监察人员。
设立辅佐和监察人员是为了禁止官员们谋私利。但辅佐和监察人员也想谋私利，那么怎么去禁止呢？因此依靠辅佐和监察人员治理国家的是暂时的。
通晓治国方法的国君不会这样。分开他们的权势，使谋私之道有障碍，所以他的势力难以隐瞒私利之时，即使像盗跖那样凶恶也不敢做坏事。所以古代帝王重视权力的运用。
有人说：“君主持虚心、稳重的态度对待一切就能使事物得到相应的查验，经过查验就能发现奸邪。”我认为不是这样。
官吏在远离国君千里之外的地方决断政务，十二月按时将决断的事登在簿书上。一年一计，而君主听一次，即使有所怀疑也不能断定，因为物证不足。
但是东西出现在眼皮底下眼睛就不能看不到，声音在耳边响起就不能听不见。
所以东西在眼前就能辩别;言论响起就能论定。
所以治理清明的国家的法制，人民不能隐藏他们的罪恶，就像眼睛不能使见到的一切逃出心的审视一般。
政治昏乱的国家不是这样，只凭官吏众多。官吏虽众，利益一致。
利益一致不可能互相监督。而且利害不同，才是古代君主用以互相保证的。
所以好的政治，夫妻、朋友都不能互相包庇罪恶，这不是不顾念亲情，而是人民不容他们隐瞒。